【佳学基因检测】如何解读和分析猝死基因检测的结果？

如何解读和分析猝死基因检测的结果？

  最实的基因检测着眼于死后遗传分析，涉及有限的基因，遵循当时的建议。尽管与心脏病相关的主要基因保持相似，但相较于传统的桑格技术，下一代测序（NGS）技术能够以更快速、更经济的方式进行广泛的遗传分析。然而，由于桑格测序的高保真度，它仍然被视为验证NGS结果的黄金标准，尤其是用于检测不确定的NGS结果、亲属变异的级联分离以及NGS技术未覆盖的区域的扩增。

最近，随着NGS技术的发展，分子尸检应用NGS技术，因为它产量高、成本低、DNA需求量小且测序时间短。目前的NGS方法包括个性化面板，涵盖与心脏病相关的主要和次要基因，全外显子组测序（WES）甚至全基因组测序（WGS）。这些NGS方法的经济价格大致相当，都在1000欧元/美元左右。对于基因诊断，目前仅定期使用面板，但近年来，医院和基因诊断中心也开始采用WES方法。然而，最终报告仅针对与疑似或确诊心脏病相关的特定基因列表。尽管如此，对患者同意和隐私的伦理问题应该得到充分考虑。

关于基因检测的选择，当前的挑战在于对检测后获得的数据进行适当的遗传学解释，以及实现有益的临床应用。此外，由于 遗传性心律失常综合征(IAS)中发表的结果存在争议，因此对罕见变异的分类具有挑战性。最终报告中包含的变异的作用可能会改变每个受害者亲属所采用的个性化治疗措施。因此，应该由专家组讨论最终报告中变异的作用。目前，通常仅使用致病性和可能致病性变异对生存亲属进行级联测试。针对SUD亲属筛查的报告，收益率不尽相同。因此，建议尸检报告应包含所有发现的适当记录，分子尸检结果也应包含在死亡证明中。

猝死基因检测的样品因素

进行遗传分析的一个关键环节是在适当的条件下获取样本。目前，高达40%的样本未能得到充分收集，这可能会影响正确的诊断，并且由于技术障碍，结果可能不具有决定性，并且尸检期间收集的样本质量的任何后续变化都可能影响结果。目前，血液是进行分子遗传学研究的最佳样本，虽然新鲜/冷冻组织和福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本也可以作为DNA提取的来源。目前已有多种基因分析技术平台可供选择。每种基因平台都有特定的协议，因此在进行NGS研究之前，样本必须符合每个系统的具体规范。尽管遵循了指导原则，但由于存在多个变量（例如收集、存储和尸检时间等），仍然无法正确分析一定比例的样本。

建议保留至少5–10毫升血液，并储存在乙二胺四乙酸（EDTA）管中。在死后48小时内收集血液是避免DNA逐渐降解、从而影响正确NGS分析的最佳时间。如果没有低温设施可用于储存，则可以将试管保留在室温下，并在收集后的前48小时内进行分析。如果DNA提取时间超过2天，则建议将管保存在4°C下（最多2-4周）。如果DNA提取将在2-4周后进行，则可以选择-20°C冷冻，以保持DNA完整性。但需要注意的是，应尽可能避免冷冻EDTA管，因为冷冻和解冻过程会破坏DNA结构。

对于新鲜/冷冻组织，取5克心脏、肝脏、肌肉或脾脏组织同样有用，应快速分析以避免DNA降解。如果提取后不立即分析，则应将其浸入液氮中冷冻1分钟，并将该材料保持在冷冻温度（-20至-80°C）直至DNA提取。在这种情况下，在提取DNA之前也应逐步解冻，以避免DNA序列断裂。

在进行尸检的常规方案中，会储存FFPE组织样本。然而，这种系统并不被常规推荐，因为FFPE组织中的DNA提取通常变化很大，并且在许多情况下，既不能获得进行充分的NGS研究所需的最低数量，也无法获得最低质量。然而，一些有趣的研究已经从FFPE组织中获取了适当的DNA，确保用于生成文库的引物产生的扩增子较短，因此非常适合从FFPE中提取的片段化DNA。