【佳学基因检测】FISH基因检测中的探针类型选择

FISH基因检测中的探针选择

根据《不同基因检测技术的敏感性与特异性》，FISH 技术中的一个重要环节是如何选择合适的探针，这决定了患者的测试价值。 每种类型的 FISH 探针都可以检测不同的染色体畸变。 图 1A-G 显示了不同类型 FISH 探针的实际使用示例。 位点特异性探针可用于评估靶标的额外拷贝数。 建立扩增状态需要两个不同标记的基因座、目标区域和对照区域。 扩增的决定性因素是比率参数。 它是红色标记的测试基因信号总数除以绿色标记的对照序列信号总数的商。 最小结果 2.0 证实扩增。

图1:荧光原位杂交 (FISH) 在 FFPE 材料实体瘤遗传诊断基因检测中的应用：A—1p/19q 探针：a-1 1p32 位点缺失、a-2 正常信号模式（左侧细胞）和 19q13 缺失 基因座（右侧细胞），a-3 正常信号模式（Abbott Molecular），B—双融合探针：COL1A1 和 PDGFB 基因座的融合和正常信号模式（ZytoVision），C—分离探针：c-1 重排 ALK 基因，c-2 正常信号模式（雅培分子），D—分解探针：EWSR1 位点重排（雅培分子），F—分解探针：ROS1 基因的 f-1 重排，f-2 正常信号模式（ Empire Genomics），G—基因座特异性探针：HER2 基因座的 g-1 扩增，g-2 正常信号模式（雅培分子），E—分解探针：SS18 基因座的正常信号模式（雅培分子）。 大多数探针以红色表示感兴趣区域，以绿色表示对照区域，不包括图片 B，其中红色表示 COL1A1 基因位点，绿色表示 PDGFB 基因位点，黄色表示 COL1A1-PDGFB 和 PDGFB-COL1A1 的融合。 

FISH技术在实体瘤基因检测中的应用

肿瘤类型	诊断价值	预后价值	预测值	可用的 FISH 探针
肺癌 ALK、 ROS1	不	是的	是的 克唑替尼	▪ Vysis ALK 分离 FISH 探针试剂盒 (Abbott Molecular)  ▪ Vysis 6q22 ROS1分离 FISH 探针 (Abbott Molecular) ▪ ROS1 分离 FISH 探针 (Empire Genomics)
胶质瘤 1p19q 共同缺失	是的	是的	不	▪ Vysis LSI 1p36 SpectrumOrange/1q25 SpectrumGreen 探针和 Vysis LSI 19q13 SpectrumOrange/19p13 SpectrumGreen 探针 (Abbott Molecular)
乳腺癌 HER2	不	是的	是的 曲妥珠单抗、 拉帕替尼	▪ PathVysion HER-2 DNA 探针试剂盒 (Abbott Molecular)
卵巢癌 CCNE1	不	是的	是 铂类药物	▪ CCNE1/CEN19p FISH 探针 (Abnova)
尤文肉瘤 EWSR1	是的	是的	不	▪ Vysis EWSR1 分离 FISH 探针试剂盒 (Abbott Molecular)
滑膜肉瘤 SS18	是的	是的	不	▪ Vysis SS18 分离 FISH 探针套件 (Abbot Molecular)
隆突性皮肤纤维肉瘤 COL1A1-PDGFB	不	是的	是 TKI （伊马替尼）	▪ SPEC COL1A1-PDGFB 双色双融合 (ZytoLight)

位点特异性探针还可用于评估基因组中染色体序列的丢失。 如《不同基因检测技术的敏感性与特异性》所述，探针由两个不同标记的区域组成：目标基因座和对照基因座。 当具有主导控制基因座信号的细胞数量超过具有主导靶基因座信号的细胞数量时，报告缺失。 应分别计算每个组织学样本的截止值。

与上述类型的探针不同的是用于检测染色体重排的探针。 这些探针之一，即双色探针，包含两个基因靶标。 由于这些靶标内部的断裂以及它们的两半之间的交换，出现了两次融合，这是染色体水平上易位的证据。 在分裂型探针的情况下，两种对比荧光染料与同一基因的两个远端互补，与目标最常见的断点保持密切关系。