【佳学基因检测】TP53突变基因检测

TP53基因检测的重要意义

肿瘤抑制基因Tp53编码p53，一个具有广泛目标基因重要转录因子。在DNA损伤和癌基因活化时，p53的诱导和稳定功能可诱导细胞周期阻滞、凋亡或衰老。TP53是人体中一个非常重要的肿瘤抑制基因，也被称为“癌基因”。TP53基因的突变可以导致多种类型的肿瘤的发生，包括但不限于以下一些常见的肿瘤： 结肠癌：TP53突变在结肠癌的发生中起到重要作用。 乳腺癌：在某些乳腺癌患者中，TP53基因突变可以导致肿瘤的发展。 肺癌：非小细胞肺癌和小细胞肺癌中都能够发现TP53基因的突变。 卵巢癌：某些卵巢癌患者中也存在TP53基因突变。 胃癌：TP53基因突变可以在胃癌中发挥作用。 胰腺癌：一些胰腺癌患者中也发现了TP53基因的突变。 膀胱癌：TP53突变与一部分膀胱癌患者相关。 骨髓瘤：TP53突变可以在多发性骨髓瘤等血液系统肿瘤中发挥作用。 脑瘤：某些脑瘤中也存在TP53基因的突变。 请注意，虽然TP53突变与这些肿瘤之间存在关联，但它并不是这些肿瘤的唯一原因，肿瘤的发生通常是多因素的结果。此外，不同的TP53突变可能导致不同的肿瘤表现和严重程度。因此，在肿瘤的治疗和预防中，了解TP53基因的突变状态对于确定治疗策略和预后评估非常重要。

TP53基因检测所揭示的疾病风险

佳学基因在《人的基序列变化与疾病表征》提供了关于 P53 基因的胚系突变及其引起的疾病。突变广泛分布于 P53 基因，导致氨基酸残基 72 和 325 之间发生变化。

对TP53各种突变的统计分析，发现TP53存在热点突变，有 3 个突变“热点”影响 p53 的残基 175、248 和 273。在第 273 位发现了最高百分比的突变 。

致病基因鉴定基因解码研究了不同类型人类癌症中 P53 进化保守密码子的突变库。癌变在结肠癌、脑癌和淋巴恶性肿瘤中占主导地位，而 G:C 到 T:A 的颠换是在肺癌和肝癌中观察到的最常见的替代。A:T 碱基对的突变在食管癌中比在其他实体瘤中更常见。结直肠癌、脑肿瘤、白血病和淋巴瘤中的大多数转变都发生在 CpG 二核苷酸突变热点。肺癌、乳腺癌和食管癌中的 G-to-T 颠换分散在众多密码子中。在来自黄曲霉毒素 B1 (AFB1) 和乙型肝炎病毒 (HBV) 都是癌症危险因素的地理区域的人的肝脏肿瘤中，大多数突变发生在密码子 249 的 1 个核苷酸对处。

在其中的一个基因检测研究中，研究覆盖了近 250 个独立的种系TP53突变，其中大部分与 Li-Fraumeni 综合征 (LFS1; 151623 ) 或 Li-Fraumeni 样综合征 ( 151623 ) 相关。佳学基因分析了突变谱、突变检测方法、与胚系突变相关的肿瘤，以及与胚系 TP53突变患者在对基因检测结果的解读方面遇到的问题。基因信息检测的分析指出，种系TP53突变与癌症之间最显着的关联发生在儿童肾上腺皮质癌 (ADCC) 病例中，该病例在最早的研究中被确定为 Li-Fraumeni 综合征的所出现的多种肿瘤之一。不管是否存在家族史，在对儿童肾上腺皮质癌ADCC所进行的儿童队列研粉中，超过 80% 具有种系TP53突变。此外，所有 12 个患有 ADCC 病例的 LFS 或 LFS 样家族都具有种系TP53突变。基因解码估计TP53突变存在于 88% 的 儿童肾上腺皮质癌ADCC 病例中。

Li-Fraumeni 和 Li-Fraumeni 样综合征

Li-Fraumeni综合征（LFS）是一种遗传性癌症综合征，其特征为常染色体显性遗传和肿瘤早发、个体体内多发肿瘤以及多个家庭成员受累。最常见的肿瘤类型是软组织肉瘤和骨肉瘤、乳腺癌、脑瘤、白血病和肾上腺皮质癌。经典 Li-Fraumeni 综合征 (LFS1; 151623 ) 是指先证者在 45 岁之前患有肉瘤，其一级亲属在 45 岁之前患有任何癌症，并且在与 45 岁之前的任何癌症或任何年龄的肉瘤具有相同的谱系。Li-Fraumeni 样综合征 (LFL; 151623)是指在 45 岁之前患有任何儿童癌症、肉瘤、脑肿瘤或肾上腺皮质肿瘤的先证者，加上在任何年龄具有典型 LFS 肿瘤的同一谱系中的一级或二级亲属，以及 60 岁之前患有任何癌症的同一血统中的其他一级或二级亲属。LFL 的一个较宽松的定义是在任何年龄的一级或二级亲属中出现 2 种不同的 LFS 相关肿瘤。大约 70% 的 LFS 病例和 40% 的 LFL 病例在 p53 基因中包含种系突变。

在TP53基因中携带种系突变的 Li-Fraumeni 综合征家族成员。与非携带者的家庭成员和健康志愿者相比，具有这些突变的家庭成员骨骼肌的氧化磷酸化增加。对来自 Li-Fraumeni 综合征患者的组织样本和该综合征小鼠模型的基础实验研究支持了线粒体功能增加的体内发现。基因解码的结论是 p53 调节人类的生物能量稳态。

肝细胞癌

TP53基因突变与肿瘤发生之间的关系分析了中国启东患者肝细胞癌 p53 突变，该地区是乙型肝炎病毒和黄曲霉毒素 B1 (AFB1) 都是危险因素的高发区。16 个肿瘤中有 8 个在密码子 249 ( 191170.0006 )的第三个碱基位置发生点突变。7 个 DNA 样本中的 G-to-T 颠换和第 8 个 DNA 样本中的 G-to-C 颠换与诱变实验中黄曲霉毒素 B1 引起的突变一致。在外显子 5、6、8 或外显子 7 的其余部分未发现突变。这些结果与先前报道的肺癌、结肠癌、食道癌和乳腺癌的 p53 突变形成对比；这些分布在 5 个进化保守域中的 4 个，包括密码子 249。

在撒哈拉以南非洲地区研究肝细胞癌，乙型肝炎病毒和黄曲霉毒素是该地区的危险因素。在 50% 的肿瘤中发现了染色体 17p 的等位基因缺失和 P53 基因的突变。在 5 个突变中的 4 个中发现了 G 到 T 的替换，并在密码子 249 处聚集。密码子 249 处的 G-to-T 突变导致精氨酸变为丝氨酸（AGG 变为 AGT）。还确定了密码子 157 中的 G 到 T 取代，导致缬氨酸变为苯丙氨酸 ( 191170.0007 )。表明黄曲霉毒素 B1 几乎完全诱导 G-to-T 取代。（香烟烟雾似乎主要诱导 C-to-A 突变，而阳光产生 G-to-A 突变，复制错误导致 C-to-T 突变。）

TP53基因检测与成骨肉瘤

肿瘤致病基因鉴定基因检测对134 例通过手术或外周血获得的人类癌症、肉瘤、白血病和淋巴瘤进行测序研究，发现 P53 基因的重排仅发生在成骨肉瘤中 (259500 )。在检查的 6 个成骨肉瘤中的 3 个中发现了这种变化。其中一名患者的正常组织有一个未重排的基因，表明肿瘤中的遗传异常是获得性的。两个具有重排基因的肉瘤表达的 p53 蛋白水平相对于其他肿瘤有所升高。在 3 种人类成骨肉瘤细胞系中也发现了 P53 基因的改变。

在骨肉瘤中，通过基因解码技术发现p53 RNA 的纯合缺失和表达缺失或 p53 蛋白的异常表达。由于在这些肿瘤中已经确定了其他原发性突变。基因信息的破解认为 p53 的变化在肿瘤发生中发挥了进展作用。在 26 个视网膜母细胞瘤肿瘤中，没有发现 P53 基因的变化，尽管在临床相关肿瘤骨肉瘤中发现这种变化的频率很高。基因信息的传递错误来源分析得出结论，视网膜母细胞瘤和骨肉瘤可能对起始突变有共同的要求，而不同的进展突变，视网膜母细胞瘤中的等染色体 6p，参与进展。

使用 SSCP 基因检测技术，佳学基因收集到 4 名多灶性成骨肉瘤患者的肿瘤 DNA 中鉴定出 p53 点突变，这些患者没有肿瘤易感性增加的家族史。在 1 名患者中检测到种系 p53 突变，其肿瘤组织显示残留野生型等位基因的进一步重排。

佳学基因《各型肿瘤的突变基因的综合比较》，从总共 196 名肉瘤患者中选出 15 名患者，发现其中 8 名患者存在种系 p53 突变，因为他们患有多发原发性癌症或有癌症家族史。其中三名患者没有已知的癌症家族史，另外五名患者有不寻常的个人或家族癌症史。8例中7例为骨肉瘤，8例为恶性纤维组织细胞瘤。四个突变导致氨基酸替换，四个导致终止密码子。作者得出结论，患有癌症和种系 p53 突变的患者组似乎比 Li-Fraumeni 综合征的临床定义所建议的更为多样化。

TP53基因突变为什么会导致肿瘤的发生呢？佳学基因注意到骨肉瘤经常发生在 Li-Fraumeni 综合征患者和携带突变 p53 等位基因的转基因小鼠中。使用恒定变性剂凝胶电泳 (CDGE) 然后直接测序来鉴定TP53的保守结构域 II 至 V 中的突变。报道了在TP53外显子 5 到 8 的频繁突变区域筛选更多密码子的条件，以及检测 p53 蛋白 N 和 C 末端部分功能域编码序列突变的条件。在检查的 28 例骨肉瘤中，6 例具有TP53突变，其中 2 个先前已在骨肉瘤中发现：ser241-to-phe ( 191170.0013 ) 和 arg282-to-trp ( 191170.0018 )。

TP53突变的基因检测与横纹肌肉瘤的发生

其中的一个基因检测结果包含了 241 名患有各种肿瘤的患者，并分别在 31 例和 29 例横纹肌肉瘤和骨肉瘤患者中发现了 p53 的变化。横纹肌肉瘤中的 p53 改变包括两个 p53 等位基因的完全缺失、1 个等位基因的完全缺失，其余等位基因有或无点突变，以及检测不到 RNA。

TP53基因检测是否可以知道大肠癌的风险？

TP53突变可能与结直肠癌 ( 114500 )有关，可能是通过野生型基因的肿瘤抑制功能失活。基因检测发现多倍体结直肠癌中 17 号和 18 号染色体上的等位基因丢失。

通过用 p53 特异性抗体对原发性结直肠癌进行免疫组织学染色，肿瘤发生的基因解码证明在 50% 的病例中蛋白质严重过度表达。良性腺瘤对 p53 过表达均为阴性。通过在 6 个表达高水平 p53 的细胞系中使用 PCR 对 p53 cDNA 进行直接测序和化学错配切割分析，他们表明所有细胞系都在合成编码突变 p53 蛋白的 mRNA。在 p53 表达较低的 4 个细胞系中的 2 个中，仍检测到点突变。在识别出特定点突变的 7 个实例中的 4 个实例中发现了 arg273-to-his 突变。

小肠腺癌和结直肠癌的组织病理学特征相似，患有一种癌症的患者被认为有患另一种癌症的风险。检查了TP53对散发性小肠腺癌的可能贡献。TP53蛋白表达在 21 例非家族性、非壶腹小肠腺癌中进行了免疫组织化学评估，并在 5 例 (24%) 中证实了过度表达。基因检测曾证明TP53在 15 例小肠腺癌中的 8 例 (53.3%) 中过表达，并在其中 4 例中发现了错义突变。这项研究和类似的研究表明TP53突变在小肠腺癌的发病机制中起重要作用。

TP53突变的致病性分析检测了56 个结直肠癌细胞系中的 TP53 基因及其蛋白状态，并在 43 个细胞系中检测到 46 个突变，其中几乎一半是截短突变。TP53突变的频率(76.8%) 高于通常报告的平均值 50%。在 43 个突变细胞系中的 32 个 (74%) 中可检测到蛋白质产物。虽然只有 4 个细胞系没有产生TP53转录本，但在 6 个具有截短突变的细胞系和 1 个具有错义突变的细胞系中未检测到蛋白质。基因解码解释到截短突变可能具有显性负效应，即使标准方法无法检测到截短的蛋白质。

大部分由功能丧失的 p53 和 Ras 激活协同控制的基因对小鼠和人类结肠细胞的恶性状态至关重要。值得注意的是，在基因扰动实验中，发现 24 个“合作反应基因”中的 14 个有助于肿瘤形成。相比之下，以非协同方式响应的基因的 14 个扰动中只有 1 个具有类似的效果。致癌突变对基因表达的协同控制因此成为恶性肿瘤的潜在关键，并为识别致癌功能获得和功能丧失突变下游基因网络中的干预目标提供了有吸引力的理论基础。

基因解码量化了小鼠肠道中Apc ( 611731 ) 丢失、Kras ( 190070 ) 激活和 p53 突变的肿瘤发展过程中的竞争优势。这些突变赋予的命运不是确定性的，许多突变干细胞在有偏见但仍然随机的事件发生后被野生型干细胞取代。p53 突变显示出条件依赖性优势，尤其是在受结肠炎影响的肠道中，携带该基因突变的克隆受到青睐。

TP53突变与肺癌的发生

由于肺癌经常显示 17p 杂合性缺失，《癌变与进展的基因因素》检查了 p53 基因，发现它在所有类型的人类肺癌中经常发生突变或失活。遗传异常包括总体变化，例如纯合缺失和异常大小的 mRNA，以及各种点突变或小突变，这些突变改变了人和小鼠之间高度保守的区域中的氨基酸。与正常肺相比，观察到肺癌细胞系中 p53 mRNA 的低表达或不表达。在所有 10 种小细胞肺癌细胞系和 9 种非 SCLC 细胞系中，发现 3 种异常共存，涉及染色体 3p、13 号染色体上的RB ( 614041 ) 和 p53。

基因检测的大数据研究发现 P53 是肺癌中最常发生突变的原癌基因。基因突变中 G-to-T 颠换，导致进化上保守的氨基酸发生错义变化。

在 51 个早期、原发性、切除的非小细胞肺癌标本中的 23 个 (45%) 中发现了 p53 突变，但在相应的正常肺中没有发现。与其他癌症相比，G-to-T 颠换是肺癌中 p53 突变的常见结果，表明暴露于不同的诱变剂。在单变量和多变量分析中，p53 突变与较年轻和鳞状组织学相关。然而，p53 突变与肿瘤分期、淋巴结状态或性别没有显着相关性，并且在所有组织学类型的肺癌中均有发现。

内含子点突变确定是肺癌中 P53 肿瘤抑制功能失活的机制。在第三个内含子的剪接受体位点和第七个内含子的剪接供体位点发现了导致异常 mRNA 剪接的点突变。在 1 名患者中，在源自骨髓转移和多发肝转移的肿瘤细胞系中发现了相同的内含子点突变，但在正常 DNA 中未发现。

基因解码还研究了在 β-肌动蛋白启动子的控制下，将含有野生型 p53 的逆转录病毒载体注射到非小细胞肺癌中的效果。注射后，3 名患者的肿瘤消退，另外 3 名患者的肿瘤生长稳定。

患有 1 种呼吸消化道恶性肿瘤的个体，第二原发性呼吸消化道肿瘤的发生率很高。基因解码研究了一个在呼吸道上皮细胞中具有广泛发育不良变化但没有明显癌的个体。患者是一名 66 岁的男性，有每年 50 包的吸烟史和慢性阻塞性肺病。他的痰细胞学检查显示中度异型。他因小肠梗阻剖腹手术后意外死亡。气管支气管树在尸检时获得并包埋在石蜡中，支气管上皮细胞通过显微解剖分离。p53 基因中的单个相同点突变，密码子 245 中 G:C 到 T:A 的颠换，在双肺 10 个位点中的 7 个的支气管上皮细胞中被鉴定出来。含有 p53 突变位点的上皮细胞形态异常，表现为鳞状化生和轻度至中度异型性。基因解码认为单个祖细胞支气管上皮克隆可能会扩展到支气管粘膜的广阔区域，这是呼吸道上皮中现场致癌的一种新机制。

TP53基因检测揭示头颈癌的患病风险

基因解码研究了 4 种人食管癌细胞系和 14 种人食管鳞状细胞癌，并在 2 种细胞系和 5 种肿瘤标本中鉴定出突变的 p53 等位基因（1 个移码突变和 6 个错义突变）。所有错义突变都发生在密码子中的 G:C 碱基对处或与先前在其他癌症中报告的突变相邻。

佳学基因检测的来自香港和中国东南部广西省的 41 例未分化鼻咽癌类型的原发性肿瘤的基因检测发现。从密码子 175 到 177，发现四个点突变聚集在TP53的外显子 5 中。

基因解码同时也关注生活环境和方式与基因信息突变的互动性。提出了指向烟草和酒精分子靶点的结果，流行病学研究表明这与头颈部鳞状细胞癌有关。基因解码在 42% 的患者（129 人中的 54 人）中发现了 P53 突变；58% 的吸烟和饮酒患者（64 人中的 37 人）；33% 的吸烟但戒酒的患者（39 人中有 13 人）；17% 的既不吸烟也不饮酒的患者（24 人中有 4 人）。既不饮酒也不吸烟的患者的所有突变都发生在 P53 基因中含有 CpG 二核苷酸（可能代表内源性突变）的位点，而吸烟者中只有 23% 的突变由此类变化组成。

肿瘤致病基因在 420 名头颈部鳞状细胞癌患者中的 224 名 (53.3%) 患者的肿瘤中发现了TP53突变。与野生型TP53相比，任何TP53突变的存在都与总体存活率降低相关，与破坏性突变的关联甚至更强，与非破坏性突变没有显着关联。佳学基因解码揭示破坏性突变为关键 DNA 结合域（L2-L3 区域）内的非保守突变，或任何区域的终止密码子。而非破坏性突变是指 L2-L3 区域外的保守或非保守突变，不包括终止密码子。

TP53基因检测揭示个体罹患脑瘤的风险

肿瘤的基因解码基因检测发现具有 P53 突变的人类胶质母细胞瘤比没有 P53 突变的患者，肿瘤的发病年龄更早。P53 突变患者的平均术后生存期明显短于无此类突变的患者。

在一个许多成员死于各种类型癌症的家庭中，基因解码的研究发现与 Li-Fraumeni 综合征一致，一名患有后颅窝恶性室管膜瘤的患者，该患者在种系和肿瘤中都具有 P53 基因的 cys242-to-tyr 突变（C242Y；191170.0008 ）。

使用外显子 5 至 8 的 SSCP 分析和直接序列分析在 30 例儿童星形细胞肿瘤中寻找 p53 突变。在 8 例胶质母细胞瘤中的 2 例和 9 例间变性星形细胞瘤中的 1 例中发现体细胞突变，但在更良性的毛细胞星形细胞瘤中未发现体细胞突变。

TP53基因检测膀胱癌的发病风险

采用基因解码技术进行的基因检测在 18 例浸润性膀胱癌 ( 109800 ) 中的 11 例中发现了 p53 的改变。导致单个氨基酸替换的点突变存在于 10 个中，并且在 1 个中发现了 24-bp 缺失。除了 1 个之外，所有突变都与 17p 等位基因缺失相关，使细胞仅具有 p53 基因产物的突变形式。 使用 PCR 和寡聚体特异性杂交，在 3 名测试患者的尿液沉渣中的 1% 到 7% 的细胞中发现了 p53 突变。

TP53基因突变与皮肤癌的发生与恶化

佳学基因TP53的基因检测与解读发现 24 例皮肤浸润性鳞状细胞癌中有 14 例 (58%) 含有 P53 基因突变，每一种都改变了氨基酸序列。3 个肿瘤中存在 CC 到 TT 的变化，表明紫外线参与了这些突变，这仅由紫外线诱导。UV 也与仅在双嘧啶位点发生的类似 UV 的突变有关，包括高频率的 C-to-T 取代。在内部恶性肿瘤中，p53 突变不显示这些紫外线特异性突变。

佳学基因遗传咨询师在总结肿瘤病例时，使用 RT-PCR 和 SSCP 分析了来自着色性干皮病患者的 40 多种皮肤肿瘤，主要是基底细胞癌和鳞状细胞癌。他们发现 43 个中有 17 个在TP53基因中包含至少 1 个点突变。所有突变都位于二嘧啶位点，主要是 CC 序列，这是紫外线诱导 DNA 损伤的热点。在 CC 位点的 19 个突变中的 14 个中，发现了紫外线诱导的损伤所特有的串联 CC 到 TT 转变。这些突变被认为是由于未修复的二嘧啶损伤留在未转录链上的跨损伤合成。

肿瘤的发生与发展过程解析指出皮肤鳞状细胞癌可分阶段进展：表皮被晒伤，角质形成细胞个别紊乱；光化性角化病，具有异常细胞分化和增殖的自发消退的角化斑块；原位癌；皮肤鳞状细胞癌；和转移。肿瘤基因解码表明，在超过 90% 的人类鳞状细胞癌中发现的由紫外线辐射诱导的 p53 突变存在于光化性角化病中。使小鼠皮肤中的 p53 失活可减少晒伤细胞（因过度暴露于紫外线辐射而产生的凋亡角质形成细胞）的出现。肿瘤基因解码得出的结论是，皮肤对 DNA 损伤具有依赖于 p53 的“组织守护者”反应，可中止癌前细胞。如果单个细胞中的这种反应因先前的 p53 突变而降低，则晒伤可以选择将 p53 突变细胞克隆扩增为光化性角化病。因此，阳光可以发挥双重作用：作为肿瘤引发剂和肿瘤促进剂。

DNA 损伤的细胞可以修复 DNA 或通过 p53 介导的稳态控制机制消除，称为“细胞校对”。紫外线辐射后通过晒伤细胞（或凋亡角质形成细胞）形成消除 DNA 损伤的细胞被认为是去除癌前皮肤细胞的关键。佳学基因发现晒伤细胞的形成取决于 Fas 配体 (FASL; 134638 )，一种由 DNA 损伤诱导的促凋亡蛋白。长期暴露于紫外线辐射导致 20 只 FasL 缺陷小鼠中的 14 只（70%）和 20 只野生型小鼠中的 1 只（5%）在表皮中积累 p53 突变。FASL 介导的细胞凋亡对皮肤稳态很重要，这表明 FAS-FASL 相互作用的失调可能是皮肤癌发展的核心。

TP53基因突变宫颈癌和肛门癌

宫颈癌和肛门癌的发展与人乳头瘤病毒 (HPV) 感染有关，最常见的是 HPV16 或 HPV18 ( 167960 )。病毒编码的癌蛋白 E6 和 E7 分别与细胞编码的 p53 和 RB 形成复合物，可能导致 p53 和 RB 通常发挥的负生长控制丧失 (614041 )。E6 可以指导 p53 的快速蛋白水解降解，HPV 感染后的 E6 表达很可能是细胞内功能性野生型 p53 蛋白的丢失。基因解码发现 HPV 阴性宫颈癌在TP53中有点突变基因。他们还表明，野生型 p53 功能的丧失在肛门生殖器癌的病理学中至关重要，并且在没有病毒编码的 E6 蛋白介导 p53 降解的情况下，这种功能丧失是通过体细胞突变发生的。发现 HPV 阴性宫颈癌的预后比 HPV 阳性癌症更差。佳学基因检测宫颈癌患者中同样发现在 HPV 阴性宫颈癌中染色体 17p 和突变体 p53 的杂合性缺失。

TP53基因突变与乳腺癌的发生

基因解码技术还设计了变性梯度凝胶电泳 (DGGE) 的改进技术，称为“恒定变性凝胶电泳”(CDGE)，并用它来筛选 P53 基因的 4 个保守区域，其中发现了大多数突变。CDGE 在 32 例乳腺癌中的 11 例 ( 114480 ) 中检测到 P53 突变。

使用单克隆抗体进行的测试表明，27 例乳腺癌中有 10 例 (37%) 显示出一种染色模式，表明 p53 蛋白仅限于细胞质，不存在于细胞核中。8例（30%）癌细胞核显示高水平的P53，9例（33%）完全没有染色。用细胞质染色对样本中的 P53 cDNA 进行测序，结果显示 7 例中有 6 例只有野生型 p53 等位基因。第八例被 SSCP 确定为野生型。相比之下，含有核 p53 的样本包含多种错义突变和一个无义突变。缺乏可检测的 p53 染色的肿瘤具有野生型核苷酸序列。一例正常哺乳期乳腺组织也显示出强烈的细胞质染色和核保留。基因解码解释说，一些乳腺癌通过将蛋白质隔离在细胞质中，使其远离细胞核中的作用位点，从而使 p53 的肿瘤抑制活性失活。在正常哺乳期乳腺组织中检测细胞质 p​​53 表明这种机制可用于特定生理情况以允许瞬时细胞增殖。基因解码将这种现象称为核排斥。乳腺癌基因检测报道了一个家族性乳腺癌病例中TP53基因的种系 arg181-to-his (R181H) 突变。然而，一位患有乳腺癌和结肠癌的姐妹没有遗传突变，另一位患有乳腺癌和霍奇金病的姐妹遗传了突变，但突变等位基因在乳腺肿瘤中出现体细胞丢失，表明密码子 181 的突变不是癌症发生的原因。在将突变体TP53转染到恶性细胞中时，发现它表现得像野生型TP53。基因解码强调了肿瘤抑制基因种系突变的遗传或生物学分析的重要性，作为咨询癌症风险的先决条件。

基因解码认为TP53的突变失活和肿瘤微环境基质细胞的基因组改变有助于临床诊断力风险评估。他们对来自 43 名因 BRCA1 ( 113705 ) 或 BRCA2 ( 600185 ) 突变的遗传性乳腺癌患者和 175 名散发性乳腺癌患者的分离的肿瘤上皮细胞和基质细胞的 DNA 进行了 TP53 突变分析和杂合性缺失和等位基因失衡的全基因组分析. TP53突变与遗传性和散发性乳腺癌中杂合性丢失和等位基因失衡的增加有关，但来自遗传性疾病患者的样本比来自散发性肿瘤患者的样本具有更频繁的突变。来自遗传性乳腺癌的基质细胞中只有 1 个微卫星位点与突变的TP53相关，而来自散发性乳腺癌的细胞中有 66 个这样的位点。散发性乳腺癌间质而非上皮中的体细胞TP53突变与区域淋巴结转移相关（P 为 0.003）。在没有TP53的情况下，一组特定的 5 个基因座与散发性肿瘤基质中杂合性丢失和等位基因失衡的增加有关，与淋巴结转移有关突变。在遗传性乳腺癌中，未发现任何临床或病理特征与体细胞TP53突变之间存在关联。

TP53基因突变与白血病和淋巴瘤

白血病与淋巴瘤基因检测使用 SSCP 分析研究了 10 个家族中有多位成员患有白血病的 P53 基因。所患疾病包括急性和慢性白血病和霍奇金病。佳学基因认为p53 突变是导致家族性白血病遗传易感性的主要事件。

使用 RNase 保护试验和 SSCP 分析检查了 25 名患有急性淋巴细胞白血病 (ALL) 的儿童原代淋巴母细胞中的 p53 基因。在 25 个中的 4 个中，发现了 p53 突变。在 1 个与 Li-Fraumeni 综合征一致的谱系中，发现密码子 272 处的种系 G-to-T 颠换（缬氨酸到亮氨酸）。先证者死于 ​​ALL，享年 19 岁。

尽管恶性淋巴瘤已被归纳为为 Li-Fraumeni 综合征中肿瘤的一部分，但在 12 名有淋巴瘤和/或异时性淋巴瘤家族史的淋巴瘤患者中未发现结构性 p53 突变。结果表明，在 LFS 的临床范围之外，淋巴瘤患者很少发生体质性 p53 突变。

对 22 名治疗相关急性髓性白血病 (t-AML) 患者的基因组进行了测序，结果表明体细胞单核苷酸变异的总数和化疗相关的颠换百分比在 t-AML 和新发患者中相似AML，表明先前的化疗不会引起全基因组 DNA 损伤。确定了 4 例 t-AML/t-MDS，其中诊断时发现的确切TP53突变在发展前 3 至 6 年也以低频率 (0.003-0.7%) 存在于动员的血液白细胞或骨髓中t-AML/t-MDS，包括2例在任何化疗前检测到相关TP53突变的病例。此外，功能性TP53在未接受化疗的健康老年人的少量外周血细胞中发现了突变。最后，在包含野生型和Tp53 +/- 造血干细胞/祖细胞 (HSPC) 的小鼠骨髓嵌合体中， Tp53 +/- HSPC 在暴露于化疗后优先扩增。这些数据表明细胞毒性疗法不会直接诱导TP53突变。相反，他们认为携带与年龄相关的TP53突变的罕见 HSPC 对化疗有抵抗力，并在治疗后优先扩张。TP53的早期收购创始 HSPC 克隆中的突变可能导致频繁的细胞遗传学异常和对化疗的不良反应，这是 t-AML/t-MDS 患者的典型特征。

TP53基因突变与癌症的转移

肿瘤致病基因鉴定基因解码对 500 名不同谱系和活检部位的转移性实体瘤成人患者进行了全外显子组和转录组测序。在转移性癌症中发生体细胞改变的最普遍基因包括TP53、CDKN2A ( 600160 )、PTEN ( 601728 )、PIK3CA ( 171834 ) 和 RB1 ( 614041 )。12.2% 的病例存在推定的致病性种系变异，其中 75% 与 DNA 修复缺陷有关。RNA 测序与 DNA 测序相辅相成，可识别基因融合、通路激活和免疫分析。

TP53基因突变骨髓衰竭综合症5型

在 2 名没有亲缘关系骨髓衰竭综合征 5 (BMFS5; 618165 ) 患者中，佳学基因在TP53基因（191170.0043和191170.0044 ）中发现了新的杂合突变，导致蛋白质相同的截断，从 C 末端（Ser362AlafsTer8）丢失了 32 个残基。这些突变是通过外显子组测序发现并通过 Sanger 测序确认的。体外功能表达研究表明，与对照相比，两种TP53突变体的转录活性都增加了。表达 CRISPR/Cas9 衍生的 C 端截短TP53的人诱导多能干细胞显示下游TP53靶标的表达显着升高，以及红细胞分化受损。基因解码表明，增强的 p53 功能，而不是功能丧失，是表型的原因。C 端截断的tp53在斑马鱼中的表达导致发育缺陷，伴有严重的形态异常、红细胞生成减少和致死率增加。缺乏Tp53 C 末端动物的小鼠模型显示出类似的异常。

TP53基因突变类风湿关节炎

基因解码提出由局部氧化损伤引起的遗传变化是一种永久改变或印记类风湿性关节炎滑膜细胞的机制 (RA; 180300 )。相反，在骨关节炎滑膜样本中未观察到TP53突变。使用显微解剖的 RA 滑膜组织切片，基因解码观察到氧化应激引起的 DNA 损伤具有丰富的TP53转换突变特征。TP53突变以及TP53 mRNA 表达主要位于滑膜内膜衬里而不是亚衬里（P 小于 0.01）。TP53簇在一些显微解剖区域观察到突变亚克隆，表明寡克隆扩增。因为 IL6 基因 ( 147620 ) 的表达受野生型 p53 调控。量化了显微解剖组织中的 IL6 mRNA 表达。与低突变样本相比， TP53突变率高的区域含有显着更多的 IL6 mRNA（P 小于 0.02）。得出结论，TP53炎症氧化应激在 RA 滑膜组织中诱导突变。这个过程与暴露在阳光下的皮肤和发炎的结肠上皮一样，为一些突变克隆提供了选择性生长优势。含有TP53突变的细胞百分比相对较低，可能会影响邻近细胞并通过促炎细胞因子的形成增强炎症。

TP53基因的多态性

基因解码分享了p53 中的pro72-to-arg (P72R; 191170.0005 ) 多态性。佳学基因解码发现，与 P72 相比，R72 在诱导细胞系和每个变体具有内源性 p53 纯合子的细胞中的凋亡能力提高了 15 倍。

野生型 p53 在密码子 47 (P47) 处具有脯氨酸，可作为 p38 MAPK（MAPK14；600289）磷酸化 ser46 的识别位点，从而增强细胞凋亡的诱导。然而，由于 C-to-T SNP，只有不到 5% 的非洲裔美国人在密码子 47 (S47) 处具有丝氨酸。表明 p53 的 S47 变体是 p38 MAPK 磷酸化的较差底物，导致与野生型 p53 相比诱导细胞凋亡的能力降低多达 5 倍。在转染的人类细胞中，这种诱导细胞凋亡的能力下降伴随着反式激活 p53AIP1 ( 605246 ) 和 PUMA (BBC3; 605854 ) 的能力下降，但其他 p53 靶基因没有。

TP53药物和化疗耐药性

佳学基因还解析了P53 基因中的特定突变与乳腺癌患者对多柔比星治疗的原发性耐药和早期复发联系起来的数据。L2 域（密码子 163 至 195）和 L3 域（密码子 256 中的第 236 位）包含锌指序列并参与 p53 DNA 结合功能。在研究的 63 名患者中，11 名具有影响 L2 和/或 L3 的突变。11 名具有影响 L2/L3 突变的患者中有 4 名在多柔比星治疗期间变得越来越严重，而 52 名无突变或突变不影响 L2/L3 结构域的患者中有 2 名病情恶化。进行性疾病患者的 P53 突变均影响 L3 结构域。在 8 名 L3 突变患者中，4 名对蒽环类药物治疗表现出原发性耐药。在大多数情况下，最初对主要化疗有反应的影响锌结合域的 P53 突变患者在 3 个月内疾病复发。

与携带 p53 +/+ HCT116 细胞肿瘤的小鼠相比，携带源自 p53 -/- HCT116 人结直肠癌细胞的肿瘤的小鼠对抗血管生成联合疗法的反应更弱。他们得出结论，降低肿瘤细胞血管依赖性的基因改变可以影响肿瘤对抗血管生成治疗的反应。

p53 和 INK4A/ARF ( 600160 ) 突变通过抑制细胞凋亡来促进肿瘤发生和耐药性。施密特等人。(2002)表明，原发性鼠淋巴瘤通过参与由 p53 和 p16(Ink4a) 控制的衰老程序对化疗产生反应。因此，具有 p53 或 Ink4a/Arf 突变的肿瘤，而不是仅缺乏 Arf 的肿瘤，对体内环磷酰胺治疗反应不佳。此外，携带 Bcl2 ( 151430) 介导的细胞凋亡阻滞经历了药物诱导的细胞生长抑制，涉及 p53、p16(Ink4a) 和衰老标记物的积累，并且它们通常在进展到终末阶段时获得 p53 或 Ink4a 突变。携带能够药物诱导衰老的肿瘤的小鼠在化疗后的预后要好于携带具有衰老缺陷的肿瘤的小鼠。施密特等人。(2002)得出结论，细胞衰老有助于体内治疗结果。

一个人的TP53为什么会发生突变？

佳学基因发现 CpG 二核苷酸胞嘧啶甲基化在导致孟德尔疾病的种系突变中的作用。强调了 5-甲基胞嘧啶对导致人类疾病，特别是肿瘤发生的体细胞突变的作用。多达 43% 的 P53 体细胞突变（观察到的 21 个肿瘤突变中的 9 个）可能是由于 5-甲基胞嘧啶的存在。注意到 CpG 占 P53 双链编码序列的 3.5%，可能导致多达 43% 的点突变，每个点突变都是从 5-甲基胞嘧啶到胸腺嘧啶的转变（或相应的转变从鸟嘌呤到腺嘌呤）。

比较了在 955 种癌症中检测到的体细胞TP53单碱基对取代谱与 279 种不同人类基因（ TP53除外）中的 2,224 种不同种系突变的谱，它们是遗传性疾病的原因。比较表明，忽略可能由外源诱变剂作用引起的相对较小的TP53突变子集 (12%)，两个数据集中单个碱基对替换的相对速率和最近邻谱相似。这种相似性表明，很大一部分癌症相关的体细胞TP53突变是由内源性细胞机制引起的。然而，当考虑到由此产生的氨基酸取代的化学特性时，临床观察到特定突变类型的可能性在肿瘤和遗传疾病之间是不同的。连同在进化上保守的残基处突变的观察可能性高出 6 倍，这一发现表明选择是确定哪些TP53突变被发现与人类癌症相关的关键因素。

由于苯并 (a) 芘等香烟烟雾致癌物与肺癌的发展有关。佳学基因肿瘤基因解码研究了苯并 (a) 芘二醇环氧化物 (BPDE) 加合物形成与 P53 突变之间的关系。（BPDE 是苯并 (a) 芘的最终致癌代谢物。）用 BPDE 处理 HeLa 细胞和正常支气管上皮细胞，分离 DNA 并用来自大肠杆菌的 UvrABC 核酸酶复合物在修饰碱基位点切割。使用 P53 寡核苷酸引物对连接介导的 PCR (LMPCR) 进行了修改，绘制了 BPDE 加合物沿 P53 基因的分布。还检查了分离的基因组 DNA。在密码子 157、248 和 273 的鸟嘌呤位置证明了强烈的选择性加合物形成。他们注意到这些位置是人类肺癌中的主要突变热点，并指出突变热点和加合物热点的巧合表明苯并 (a) 芘代谢物或结构相关的化合物参与人体肺组织的转化。

为了研究 BPDE 结合选择性的可能机制，绘制了含有基因组 P53 序列的质粒 DNA 中的加合物。当 CpG 序列中的胞嘧啶被 CpG 特异性甲基化酶 SssI 转化为 5-甲基胞嘧啶，随后用 BPDE 处理 DNA 时，产生的加合物热点与所有 CpG 被甲基化时在基因组 DNA 中看到的热点相似. PGK1 基因序列也记录了 5-甲基胞嘧啶对 CpG 位点 BPDE 加合物形成的强烈积极影响 ( 311800) 源自活跃或不活跃的人类 X 染色体，并具有不同的甲基化模式。这些结果表明，甲基化的 CpG 二核苷酸除了是一种内源性致突变因子外，还可能代表外源性化学致癌物的优先目标。

血色素沉着症 (HFE; 235200 ) 和威尔逊病 (WND; 277900 ) 分别以铁和铜在肝脏中的过量沉积为特征，会产生氧化应激并增加肝癌的风险。侯赛因等。(2000)研究了 WND 和 HFE 患者的非肿瘤肝组织中 p53 突变等位基因的频率。与正常对照的肝脏样本相比，密码子 249 处 G:C 到 T:A 转换的频率更高（参见191170.0006), 以及 C:G 到 A:T 的颠换和 C:G 到 T:A 在密码子 250 的转换在 WND 病例的肝组织中被发现，并且 G:C 到 T:A 的更高频率的颠换也在密码子 249在血色素沉着病病例的肝组织中发现。这些结果与血色素沉着症和 WND 中铁和铜超载产生的氧/氮物质和不饱和醛导致 p53 基因突变的假设一致。

Boettcher等人。(2019)使用 CRISPR-Cas9 生成最常见的TP53错义突变的同基因人类白血病细胞系。功能、DNA 结合和转录分析显示功能丧失但没有功能获得效应。p53 单氨基酸变体的综合突变扫描表明，DNA 结合域中的错义变体发挥显性负效应。在小鼠中，p53 错义变异的显性负效应赋予造血细胞对 DNA 损伤的选择性优势。对急性髓性白血病患者的临床结果分析表明，没有证据表明TP53错义突变会增加功能。Boettcher等人。(2019)得出结论，显性负效应是髓样恶性肿瘤中TP53错义突变的主要选择单位。

突变检测

托尼森等人。(2002)将基于阵列引物延伸的TP53基因测试描述为用于研究和临床应用的 DNA 序列分析的准确有效工具。

突变数据库

霍尔斯坦等人。(1996)更新了人类肿瘤和细胞系 p53 基因的点突变列表，该列表从文献中汇编而成，并通过 EMBL 数据库的文件服务器以电子方式提供。1995 年 7 月，该数据库包含了近 4,500 个突变的记录。在他们的图 1 中，他们绘制了自 1989 年以来数据库中突变的增长情况。这些数据可从欧洲生物信息学研究所 (EBI) 网络服务器获得。

Beroud 等人。(1996)描述了可用于 MS-DOS 和 Macintosh 平台的 p53 基因突变的软件和数据库。截至 1995 年 9 月，他们的数据库包含 4,200 多个突变。

德弗里斯等人。(1996)描述了一个 p53 突变数据库。

埃诺等人。(1997)报道了法国里昂国际癌症研究机构 (IARC) 维护的 p53 突变数据库，Hollstein 等人早些时候报道过。(1996)。当前版本包含 5,091 个已发布突变的记录，预计在 1997 年 1 月发布时将超过 6,000 个大关。

Hernandez-Boussard 等人。(1999)指出，IARC 数据库包括 p53 体细胞突变（超过 10,000 个条目）、p53 种系突变（144 个条目）和 p53 多态性（13 个条目），并将体细胞突变组织到一个关系数据库中。数据库中包括对个体特征和致癌暴露的注释以及基于国际肿瘤学疾病分类 (ICD-O) 的病理学分类。此外，还开发了多个接口来分析数据，以生成突变谱、密码子分析或具有蛋白质三级结构的突变可视化。

奥利维尔等人。(2002)提供了 IARC TP53数据库的更新。添加了更详细的患者注释，包括致癌物暴露、病毒感染和遗传背景。

Beroud 和 Soussi (2003)描述了在法国蒙彼利埃维护的 UMD-p53 数据库的开发。苏西等人。(2005)指出该数据库中描述了超过 1,500 种不同的TP53突变体。突变体的频率具有高度异质性，11个热点突变体被发现超过100次，306个突变体仅被发现一次。苏西等人。(2005)通过测试代表由点突变引起的所有可能氨基酸替换的TP53突变体，证明了反式激活活性丧失方面的高度多样性。虽然最常见的TP53突变体明显丧失反式激活活性，但超过 50% 的稀有TP53突变体表现出显着的活性。