【佳学基因检测】基因检测NTRK1重排非小细胞肺癌采用
恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)获得持久效果

非小细胞肺癌靶向药物基因检测导读：

导致致癌受体酪氨酸激酶融合表达的染色体重排发生在一部分上皮恶性肿瘤中，并且可能是对酪氨酸激酶抑制剂敏感性的基础 。 根据《肿瘤靶向药物治疗需要致病基因鉴定基因解码结果》，原肌球蛋白相关激酶 (Trk) 蛋白 TrkA、TrkB 和 TrkC 分别是由 NTRK1、NTRK2 和 NTRK3 编码的受体酪氨酸激酶，通常在神经元发育过程中发挥作用。 NSCLC 中的 NTRK1 基因重排首先在具有腺癌组织学且未检测到 EGFR 或 KRAS 突变或 ALK 或 ROS1 基因重排的 NSCLC 患者群体中通过精准用药850基因检测被发现。 在早初的探索性发现中，通过荧光原位杂交 (FISH) 以 3% 的频率检测到 NTRK1 重排。 NTRK1 基因重排也以低频率发生在其他实体瘤恶性肿瘤中，包括结直肠癌、肝内胆管癌、乳头状甲状腺癌、spitzoid 肿瘤、胶质神经元肿瘤和肉瘤。 在多种实体瘤恶性肿瘤中也观察到了涉及 NTRK2 和 NTRK3 的基因重排。 在所有的患者中，通过基因解码发现，测序的融合基因产物都保留了酪氨酸激酶结构域，支持通过这些融合产物的激酶信号转导促进细胞生长和存活的基因解码基础。

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)是一种可口服的 TrkA、TrkB、TrkC、ROS1 和 ALK 小分子抑制剂。 在生化激酶测定中，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib) 抑制 TrkA，IC50 为 1.7 nM。 恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)抑制表达 TPM3-NTRK1 融合产物的 KM-12 人结直肠细胞系的细胞增殖、TrkA 磷酸化和下游通路激活。 在 KM-12 异种移植物中，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)诱导肿瘤消退和持久的肿瘤稳定。 在来自携带 TPM3-NTRK1 融合的结直肠癌患者的患者来源细胞 (PDC) 模型中观察到类似的效果。恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)已获得临床使用许可，用于在 NTRK1、NTRK2、NTRK3、ROS1 或 ALK 中发生分子改变（1/2a 期，NCT 02097810）或基因重排（2 期，NCT 02568267）的局部晚期或转移性实体瘤恶性肿瘤患者 .
 

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测部分技术介绍

用于鉴定非小细胞肺癌及其他肿瘤中的NTRK1的AMP-PCR

为了从临床样本中检测涉及 NTRK1 的融合转录本，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测采用了AMP-PCR技术。同时，采用肿瘤精准用药850基因解码中的测序文库靶向多种癌基因中已知的融合外显子，包括 ALK、ROS1、RET 和 NTRK1。

荧光原位杂交 (FISH)在恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测的使用

使用 FISH 进一步确认疑似 NTRK1 基因重排的病例。 肿瘤基因解码基因检测使用了一种分离 FISH 方法，使用分别对应于 NTRK1 基因侧翼的 5' (RP11-1047J23) 和 3' (RP11-1038N13) 序列的 BAC 克隆，分别用绿色和红色标记的缺口翻译。 将 FFPE 载玻片脱石蜡、用蛋白酶处理，并使用 Hybrite 载玻片处理器与 FISH 探针共变性、洗涤、复染和盖玻片，并使用配备红色、 绿色和 DAPI 过滤器。 使用 Cytovision 软件（Genetix Inc., San Jose, CA）捕获和分析图像。
 

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测1期临床试验的组织

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)在患有局部晚期或转移性肿瘤的成年患者中的 1 期剂量递增研究正在进行中 (NCT02097810)。 患者的入组标准是通过肿瘤靶向药物基因检测明确具有 NTRK1、NTRK2、NTRK3、ROS1 或 ALK 基因突变的局部晚期或转移性实体瘤恶性肿瘤、根据RECIST) v1.1 可测量的疾病，以及ECOG) 的表现状态评估 (PS) ≤ 2。在没有抗惊厥治疗的情况下，允许受控的无症状中枢神经系统 (CNS) 疾病受累的患者。 使用不良事件通用术语标准 (CTCAE) v4.0 对毒性进行分级，并使用 RECIST v1.1 测量反应。

 

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测的部分临床实验结果

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测对1378 份 NSCLC 肿瘤标本进行了 AMP 检测，发现其中的两个样本具有 NTRK1 基因重排（0.1%，95% 置信区间 0.01%，0.5%）。 一个是TPM3-NTRK1 重排。 另一个是包含来自 SQSTM1（sequestosome 1）和 NTRK1 序列的融合转录本。 从 NTRK1 的外显子 10 延伸的引物扩增了 SQSTM1 的外显子 6 的连续序列。 扩增的融合转录物的连接点位于外显子边界，并导致框内融合。 预测的融合基因产物包括 SQSTM19 的 PB1 二聚化结构域和 TrkA 的酪氨酸激酶结构域。 FISH 证实了 NTRK1 重排。 值得注意的是，SQSTM1 之前曾被描述为与 ALK 在 NSCLC和B 细胞淋巴瘤中的融合对象。 基于这些结果，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测分析该患者肿瘤中的融合蛋白已表达并具有功能。

患者是一名男性，2013 年被确诊为 IV 期肺腺癌。他有 30 包年的吸烟史，尽管之前接受过卡铂和培美曲塞、派姆单抗、 多西紫杉醇和长春瑞滨。 入组时，患者的 ECOG 体能评分为 2，伴有基线胸壁疼痛、静息时呼吸困难，鼻插管需氧量为 3 升/分钟。 患者有一个可触及的左胸壁肿块，直径约 5 cm，相关可触及的 1 cm 卫星结节从肿块延伸到左腋窝。 与 18 个月前的最近一次脑部 MRI 相比，头部 分期CT 显示 15-20 个无症状的新脑转移。

他参加了每天口服 400 mg/m2 entrectinib 的 1 期试验。 该药物耐受性良好，1 级味觉障碍、1 级感觉异常和 2 级疲劳等可能相关的不良事件随后均得到解决。 在开始治疗后的三周内，患者报告疼痛和呼吸困难消失，不再需要吸氧。

26 天时的重新分期 CT 扫描显示 RECIST 部分反应为 -47%。先前的右侧胸腔积液得到解决，左上叶和下叶间歇性明显再扩张，并且 左肺先前的弥漫性实变不透明部分消退。左上叶其他区域的毛玻璃样和间隔增厚的肿瘤减少，被认为代表疾病淋巴管扩散的改善。胸膜增厚减少。在纵隔，先前巨大的双侧淋巴结肿大有显着的间隔消退。在腹部，先前的腹主动脉旁淋巴结肿大有显着改善。先前可见的骨转移硬化增加，与治疗反应一致。检查时双侧胸壁肿块变小变平，不再触及卫星结节。放射学反应得到证实，并在后续扫描中持续进行。 在第 155 天，再一次分期扫描显示肿瘤进一步缩小，与基线相比为 -77%。左下叶实变持续改善，纵隔淋巴结大小持续缩小。之前的左胸 壁肿块在扫描中不再明显或可见。他没有新的疾病受累部位。
 

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测如何评价临床应用结果

Trk 信号通常参与神经元发育、突触功能和可塑性。 野生型 TrkA、TrkB 和 TrkC 通过配体依赖性二聚化发挥作用，导致细胞质结构域内酪氨酸残基的磷酸化、支架蛋白的募集和下游信号的激活。 肿瘤致病基因鉴定基因解码认为丝裂原活化蛋白激酶 (MAPK)、磷脂酶 C-γ (PLC-γ) 和磷脂酰肌醇 3-激酶 (PI3K) 途径介导细胞分化和存活。 NTRK1 基因重排，导致 TrkA 融合蛋白的表达 ，是NSCLC 中致癌驱动因素之一。与涉及其他受体酪氨酸激酶（如 ALK 或 ROS1）的基因重排一样，NTRK 基因融合被认为通过配体非依赖性二聚化和下游通路激活发挥作用。 在基线时缺乏致癌潜力的细胞系中，强制表达 MPRIP-NTRK1 或 CD74-NTRK1 基因融合会导致 TrkA 磷酸化，锚定独立裸鼠的凹痕生长和肿瘤形成。 在表达组成型活性 TrkA 的细胞系中 ，TrkA 信号传导的药理学抑制导致体外细胞活力降低。 因此，肿瘤致病基因鉴定基因解码为为NSCLC 中的 NTRK1 基因重排驱动肿瘤进展，并可能赋予对 TrkA 抑制的敏感性。

在一名 NTRK1 重排 NSCLC 患者中，使用 entrectinib 治疗可使疾病快速且具有临床意义的改善，且副作用最小。 值得注意的是，该患者的所有 CNS 转移（在筛查时发现且未接受放射治疗）在 entrectinib 上完全消退，表明该药物具有强大的 CNS 渗透性和活性。 这种反应表明，与 NSCLC 中的 ALK 和 ROS1 重排一样，NSCLC 中的 TrkA 融合驱动肿瘤生长和存活并且是可靶向的。 《佳学基因肿瘤靶向药物治疗基因检测病案集》中的一个案例描述了在患有 LMNA-NTRK1 基因重排的转移性肉瘤患者中对 Loxo-101（一种小分子泛 Trk 抑制剂）有类似的显着的临床反应，进一步支持了 NTRK 基因重排可以作为强致癌基因的基因解码结果，它是多种肿瘤组织的驱动因素。 肿瘤基因解码基因检测得出结论，对于 NTRK1 基因重排患者，包括转移性中枢神经系统疾病患者，entrectinib是一种有效的抗肿瘤疗法。

NSCLC 中的 NTRK1 基因重排很少见。 恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测大规模临床应用实验中发现该队列中 0.1% 的 NSCLC 中发现 NTRK1 基因重排，频率低于 3%，这和佳学基因病案集中的大数据统计是一致的。同时，在 268 例日本 NSCLC 手术切除病例中，RT-PCR 未检测到 NTRK1 融合转录物。 此外，在检测涉及 ALK、ROS1 和 RET 的基因重排时，与 FISH 相比，AMP 测定显示出 100% 的灵敏度（95% 置信限度 99.3–100%）。在不同的基因检测技术中，FISH 可以检测不导致融合转录物表达或融合转录物以低水平表达的染色体重排，而 AMP 检测融合 RNA 转录物。 另外，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)肿瘤基因解码基因检测注意到我们的队列包括转移性和早期 NSCLC 的混合体。 NTRK1 重排可能在转移性疾病中更常见，就像 ALK 重排一样。 鉴于 NTRK1 基因重排的频率较低，由于组织可用性或成本的限制，使用 FISH 进行筛选可能不切实际。 将 NTRK1 重排测试纳入基于多重 NGS 的测定中，可以同时筛选其他基因中的 NTRK1 基因重排。NTRK1 重排的 NSCLC 患者对 entrectinib 的深刻而持久的临床反应强烈支持对同时患有 NSCLC 和其他实体瘤恶性肿瘤的患者进行 NTRK 基因重排的检测。