【佳学基因检测】套细胞淋巴瘤靶向药物基因检测应包括哪些内容？

套细胞瘤的肿瘤靶点导读：

易位t（11；14）是MCL的遗传标志，尽管免疫球蛋白调节区的隐性重排可能是少数亚组患者的另一种致癌机制。有趣的是，这种IG增强子劫持现象在MCL细胞周期蛋白D1中反复出现− 细胞周期蛋白D2或细胞周期蛋白D3过度表达的病例。MCL被认为是最具侵袭性的淋巴瘤之一。然而，一小部分病例可能遵循最初的无痛临床过程，无需治疗。存在IGHV体细胞突变、无淋巴结病变时的白血病表达以及少量基因组改变是nnMCL与cMCL病例的区别特征。细胞周期蛋白D1的失调虽然被认为是主要的致癌事件，但不足以导致B细胞克隆的恶性转化。从这个意义上说，影响许多癌症特征相关基因的额外体细胞遗传改变，如细胞周期控制（CDKN2A、CDK4和RB1）、DNA损伤反应（TP53、ATM、CDKN2A和MYC）、表观遗传调节（KMT2D、SMARCA4和NSD2）和NF-ĸB信号通路（BIRC3、NFKBIE和TNFAIP3）等，可能影响MCL淋巴成像。此外，SOX11似乎在MCL发病机制中与细胞周期蛋白D1合作，调节复杂的转录程序，增强肿瘤的侵袭性。通过使用NGS技术以及从分子生物学和病理学到临床的多学科研究的整合，对MCL发病机制的更好理解揭示了治疗侵袭性MCL的新的潜在管理策略。

维持增殖信号和生长抑制物逃避

肿瘤细胞的一个基本特征是其持续增殖的能力，以及在细胞应激条件下规避肿瘤抑制因子促进的限制增殖的能力。在MCL中，细胞周期蛋白D1最初的失调可能通过细胞周期蛋白与CDK4结合，随后RB1磷酸化，以及随后的E2F释放，促进G1/S相变。除了这种最初的改变，次级遗传事件还直接影响细胞周期控制，主要影响两条途径INK4A/CDK4/RB1和ARF/MDM2/TP53。12q13扩增（20%）可能导致CDK4过度表达，进一步促进细胞周期失调。有趣的是，CDK4的抑制可能是克服MCF患者伊布替尼耐药性的可靠机制。涉及CDKN2A的9p21缺失（25%）是MCL中最常见的基因改变之一。CDKN2A基因编码p16（INK4A），一种特异性抑制CDK4和CDK6并保持RB1活性的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂，以及p14（ARF），一种E3泛素蛋白连接酶，通过与MDM2相互作用稳定p53，防止其降解。或者，少数野生型CDKN2A的MCL病例显示BM11（10ql3）扩增和过度表达，作为CDKN2A位点的转录抑制因子。CDKN2A失活与MCL患者的不良预后相关，并与侵袭性变体相关。同样，RB1因突变和纯合子缺失而失活，虽然不常见，但主要发生在侵袭性病例中。其他针对细胞周期相关基因的基因改变可能导致增殖率增加，包括MYC扩增和易位，以及CUL4A和ING1（13q34）的缺失。

大量基因改变可能导致MCL细胞周期失调，这突出了MCL发病机制中这一特征的相关性。此外，其相关性得到以下事实的支持：MCL患者生存的最佳预测因子是增殖基因表达信号，该信号可能整合多种基因改变，调节细胞周期异常，现在可以在福尔马林固定石蜡包埋组织（MCL35增殖分析）中可靠地确定。
 

基因组不稳定性

癌细胞有积累基因改变和增加基因组不稳定性的倾向，这是许多肿瘤的特征。MCL是基因组不稳定程度最高的B细胞恶性肿瘤之一。超过90%的MCL病例表现出高度的基因组改变，包括增益/扩增、纯合/杂合丢失，以及其他非复发性染色体重排。在MCL中，1p、6q、8p、9p、9q、10p、11q、13q和17p的丢失以及3q、7p、8q、10p、15q和18q的增加是最常见的染色体改变。MCL细胞中染色体的大量改变与两个最常见的突变基因ATM（40-50%）和TP53（21-45%）的事实相一致，这两个基因都与DNA损伤反应有关。ATM改变，包括突变和11q缺失，被认为是早期事件，但与预后无关，尽管与染色体不稳定性增加有关。CHK2和CHK1是DNA损伤应答过程中参与信号转导的两种关键丝氨酸-苏氨酸激酶，它们的下调可能是在有限数量的MCL病例中促进染色体不稳定性的另一种机制。TP53经常因点突变和17pl3缺失而失活，损害p53介导的细胞周期阻滞、凋亡和衰老，作为对DNA损伤的反应。TP53的变化在cMCL和nnMCL中的比例相似。此外，染色体失衡、TP53突变和整体遗传不稳定性的增加与MCL患者的囊胚状体变异和更差的临床结局有关。
 

抵抗细胞死亡

逃避凋亡细胞死亡被认为是癌症发展的自然障碍，是癌细胞的一个关键标志。在MCL中，抗凋亡蛋白BCL2的失调主要通过扩增或mRNA过度表达在3-17%的病例中被描述。还观察到BCLX等BCL家族其他蛋白的上调，以及促凋亡BCL2L11（2ql3）偶尔的双等位基因缺失。在过去十年中，有几份报告描述了NOTCH1（5–14%）和NOTCH2（5%）中反复出现的功能获得性截断突变，这些突变与囊胚状体变异和糟糕的预后有关。NOTCH通路是跨物种进化中最保守的信号级联之一，调节细胞死亡、细胞增殖并激活特定的分化程序。NOTCH信号通过MYC直接或间接调节由BCR信号、RNA代谢和染色质/转录调节组成的基因信号。临床上，NOTCH靶向治疗方法可能是一种治疗选择。

肿瘤微环境相互作用的调节

正常的B细胞成熟涉及编码B细胞受体（BCR）抗原结合域的IGHV基因的体细胞重组和突变。对MCL中IGHV基因限制性序列的观察，称为BCR-IG刻板印象，强调抗原选择和BCR信号通路是MCL发病机制的重要标志。此外，BCR信号通路的组成性激活对促进恶性B细胞的存活和增殖具有关键作用。尽管这种去调节的具体机制尚不清楚，但不同的B细胞受体相关激酶包括酪氨酸蛋白激酶（LYN）、脾酪氨酸激酶（SYK）、尤其是布鲁顿酪氨酸激酶（BTK）被认为是治疗靶点，因为它们在MCL中的组成性激活或扩增。在这种情况下，BTK伊布替尼的口服共价抑制剂在MCL病例中显示出持久的单药疗效。最近，在MCL-0208试验中，6基因BCR信号（AKT3、BCL2、BTK、CD79B、PIK3CD和SYK）的高表达水平与较短的无进展生存期和OS相关。

PI3K/AKT和NF-ĸB信号通路的组成性激活也在MCL发病机制中发挥了相关作用。激活的PI3K/AKT/mTOR组分针对MCL的一系列下游过程，包括血管生成，但也包括细胞存活、生长和蛋白质合成。下游激酶的激活，如SYK和PI3KCA扩增，可能会导致激活，如果这一途径可以确定小分子抑制剂的治疗潜力。典型NF-ĸB通路的激活与MCL中肿瘤增殖的增加和较低的生存率直接相关。NF-ĸB的激活可以通过不同的改变来介导，主要是通过使TNFAIP3/A20、TRAF2、BIRC3、NFKBIE和CARD11等负调节因子的突变或缺失失活。NFKBIE缺失与不良预后相关，而TRAF2和BIRC3突变与MCL患者对伊布替尼治疗的耐药性相关。抗凋亡蛋白BCL-2、BCL-XL、XIAP和cFLIP也是MCL中高度表达的NF-ĸB靶点。

此外，在肿瘤进展过程中，新生血管的生长能力必须保持完整。实验研究表明，SOX11的表达与PDGFA激活的血管生成开关有关，其特征是血管生成相关信号和血管生成的表达增加。有趣的是，在SOX11+MCL病例中，SOX11直接调节CXCR4和PTK2，赋予保护性微环境中心信号。CXCR4和CXCL12过表达增强FAK激活，促进MCL细胞迁移和粘附，促进与基质细胞的串扰，从而提高MCL细胞的存活率和耐药性。

表观遗传失调

表观遗传失调可促进恶性细胞转化，被认为是许多不同肿瘤的标志。在过去的几年中，全肿瘤细胞甲基化的特征证实了DNA甲基化在MCL肿瘤发生中的关键作用，并且被认为是一个在肿瘤转化后容易改变的动态过程。在MCL细胞中，DNA甲基化负荷增加（定义为肿瘤细胞获得的甲基化变化数量）与更差的临床结果和更高数量的驱动突变相关。此外，MCL的基因组解码分析表明，表观遗传调节剂是反复改变的靶点。MCL中最常发生突变的表观遗传修饰物是KMT2D（17–23%），KMT2D是转录和翻译后过程的调节器，突变可能会影响患者的预后。NSD2催化结构域的55个突变也在cMCL中发现，并与增殖和细胞周期相关的标志物的过度表达有关，以及与在其他淋巴恶性肿瘤中驱动致癌重编程的整体染色质甲基化有关。最近，NSD2被描述为介导PTEN的二甲基化，并促进其招募到有助于修复DNA双链断裂的DNA损伤位点。此外，SWI-SNF染色质重塑复合物的改变，包括SMARCA4突变（5–12%）或涉及SMARCA2（9p24）或ARID2（12ql2）的缺失，会导致对伊布替尼和venetoclax的耐药性。其他失调的表观遗传修饰因子是KMT2C（5-16%）、BMI1（6-12%）和TET2（5-12%）。最后，针对转录调节因子的突变，如MEF2B（3–7%）或转录后UBR5（7–18%）也在MCL中反复发现。