【佳学基因检测】基因检测如何增加难治、复发性儿童肿瘤的治疗效果

佳学基因肿瘤基因检测引用的前瞻性多中心临床试验测试了使用肿瘤样本获取基因组数据的安全性、可行性和有效性，并生成了一份用于分子肿瘤委员会的报告，用于复发/难治性儿童癌症受试者的实时治疗决策。肿瘤基因解码中的大多数受试者在入组前都接受了一种或多种复发治疗，这进一步证实了对难治性儿童癌症需要更有效的个体化治疗。

肿瘤基因解码基因检测的主要终点是使用基因组信息进行临床决策的可行性，定义为从活检到DNA/RNA测序、分析和报告生成、肿瘤委员会决策和开始治疗的日期。从活检到开始治疗的平均时间在38天内，这是开始治疗的合理时间框架。将肿瘤精准医学基因解码的可行性时间表与之前的精准医学试验进行比较，儿童肿瘤精准医学证明了测序和治疗计划的相当的周转时间（TAT）。肿瘤基因850精准用药基因解码使用WGS和RNAseq，并证明了从活检到测序结果的TAT为9天，与佳学基因10天的TAT相似。部分肿瘤精准用药基因检测虽然仅限于新诊断的DIPG，但也使用了WES和RNAseq，并证明了从活检到治疗计划的TAT为21天，与佳学基因平均23天的TAT相似。这一时间表表明，利用这一过程是临床决策和治疗复发/难治性儿童癌症的一种可行且可行的选择。

鉴于制药公司在儿科肿瘤学方面的随机临床试验很少，佳学基因肿瘤精准用药基因解码中使用的大多数药物都被认为是非标签药物，大多数癌症儿科标准治疗方案也是如此。导致从活组织检查到开始治疗的天数变化的一个因素是，获得保险公司对药物标签外使用的授权需要相当长的时间。在平均时间较长的中枢神经系统肿瘤的情况下，手术和/或术后放疗的恢复也被确定为导致治疗开始延迟的因素。

该试验的方案要求报告3级或更高级别的相关和意外不良事件。在循环1和循环2中对该方法的安全性进行了评估。尽管人们担心在使用靶向药物组合时可能会增加毒性，但可报告的不良事件发生率极低。本试验中使用的MGT药物几乎没有意外的相关毒性，支持在复发/难治性癌症儿科人群中使用这种治疗选择方法的安全性。确保安全性的重要方面包括肿瘤委员会的讨论、药物相互作用的文献综述和药学综述，以及给药和时间表的建议。值得注意的是，肿瘤基因解码基因检测在整个研究过程中捕捉到了意想不到的3级和4级毒性，仅评估了前两个周期内发生的治疗变化。化疗方案确实导致了药物的预期毒性，如药物中断和减少以及周期延迟所示。治疗医生认为这些都是可以控制的。治疗方案的改变主要归因于预期的药物毒性。因此，药物修饰是基于已知的毒性特征进行的。仅对那些被认为具有特定相关毒性（如骨髓抑制）的药物减少用药，而不是治疗计划中的所有药物。没有患者因毒性而停止治疗。

与成人癌症相比，儿童癌症历来具有较低的突变负担。佳学基因儿童肿瘤基因解码基因检测临床试验中报道的基因组景观与之前报道的一致。这项试验表明，只有一小部分复发/难治性癌症儿童患者会受益于单独的DNA测序。事实上，在之前的许多精准医学试验中，一个共同的局限性是，并不是所有患者都被发现具有值得治疗的靶向基因组事件。这是由于在缺乏RNAseq的情况下，有限的基因组研究，如基因组或WES。过去研究的另一个局限性是使用单一药物治疗。零儿童癌症计划精准医学试验报告称，分子肿瘤委员会推荐的70%是单一药物。众所周知，多智能体治疗在克服耐药性方面优于单智能体治疗。RNA转录组数据的添加促进了对激活途径的理解，并在儿科人群中提供了额外的临床实用性。因此，佳学基因所采用的试验中的所有患者都接受了分子治疗计划，其中包括最多四种药物的联合治疗。值得注意的是，19.5%的MGT方案使用了DNA和RNA数据的组合，而其余80.5%的方案仅使用RNA数据设计，并且基于DNA和RNA组合治疗的方案与单独使用RNA治疗的方案的结果没有统计学上的显著差异。这进一步加强了全面的基因组和转录组分析在寻求靶向治疗中的重要性。

大多数突变特征具有尚未在文献中阐明的病因、特征和意义，但可以确定特定特征的存在与癌症类型之间的相关性。突变特征分析显示与先前文献一致，这些文献确定了特征18与神经母细胞瘤之间的关联。与中枢神经系统和其他罕见的实体瘤相比，神经母细胞瘤样本中的这种特征有差异表达。该特征的病因先前已被证明与活性氧的损伤有关，活性氧是NB中一种长期已知的生物刺激。

佳学基因肿瘤基因检测临床研究证实，儿科癌症的克隆进化确实会随着时间的推移而发生。肿瘤基因组学随着新靶点的演化的变化强调了在每次复发时进行重新活检和重新测序的重要性。这种方法可以确定不同的治疗方法，如肿瘤精准用药研究中的患者所示。活检和重新评估的理想频率需要进一步探索。除了肿瘤测序外，MAPPYACTS试验将血浆中的cfDNA相关联，表明这可能是跟踪肿瘤随时间演化的一个选择，而不需要活检。