【佳学基因检测】胃癌靶向药物治疗基因解码与基因检测

胃癌靶向药物治疗基因解码与基因检测导读

胃癌 (GC) 是许多国家的主要健康问题。胃癌是一种按组织病理学差异分层的异质性疾病。但是，这些变化不用于确定胃癌管理。新一代测序 (NGS) 技术已得到广泛应用，癌症基因组分析最近揭示了各种恶性肿瘤与基因组信息之间的关系。2014 年，使用全外显子组测序 (WES) 和全基因组测序 (WGS) 进行胃癌的研究揭示了胃癌基因组学的整个结构。新一代测序技术基因检测 的基因组学已被用于识别胃癌的新治疗靶点。此外，基于肿瘤组织的多重基因组测试为靶点提供特定治疗的个性化医疗已成为临床应用。最近，免疫检查点抑制剂 (ICI) 已被用于胃癌治疗。然而，他们的回应率是有限的。为了预测免疫检查点抑制剂对胃癌的抗肿瘤作用并选择适合免疫检查点抑制剂治疗的患者，基因组学不仅提供肿瘤信息，还提供肿瘤微环境（如肿瘤浸润淋巴细胞）的信息数据。在不可切除或复发性恶性肿瘤的治疗策略中，靶点不仅是原发灶，而且是转移灶，而转移灶往往对化疗耐药。与结直肠癌不同，胃癌中的原发性和转移性病变之间存在遗传变异的异质状态。液体活检分析也有助于预测原发性和转移性病变的基因组状态。基因组学已经成为胃癌治疗不可或缺的工具，未来有望得到进一步发展。他们的回应率是有限的。为了预测免疫检查点抑制剂对胃癌的抗肿瘤作用并选择适合免疫检查点抑制剂治疗的患者，基因组学不仅提供肿瘤信息，还提供肿瘤微环境（如肿瘤浸润淋巴细胞）的信息数据。在不可切除或复发性恶性肿瘤的治疗策略中，靶点不仅是原发灶，而且是转移灶，而转移灶往往对化疗耐药。与结直肠癌不同，胃癌中的原发性和转移性病变之间存在遗传变异的异质状态。液体活检分析也有助于预测原发性和转移性病变的基因组状态。基因组学已经成为胃癌治疗不可或缺的工具，未来有望得到进一步发展。他们的回应率是有限的。为了预测免疫检查点抑制剂对胃癌的抗肿瘤作用并选择适合免疫检查点抑制剂治疗的患者，基因组学不仅提供肿瘤信息，还提供肿瘤微环境（如肿瘤浸润淋巴细胞）的信息数据。在不可切除或复发性恶性肿瘤的治疗策略中，靶点不仅是原发灶，而且是转移灶，而转移灶往往对化疗耐药。与结直肠癌不同，胃癌中的原发性和转移性病变之间存在遗传变异的异质状态。液体活检分析也有助于预测原发性和转移性病变的基因组状态。基因组学已经成为胃癌治疗不可或缺的工具，未来有望得到进一步发展。为了预测免疫检查点抑制剂对胃癌的抗肿瘤作用并选择适合免疫检查点抑制剂治疗的患者，基因组学不仅提供肿瘤信息，还提供肿瘤微环境（如肿瘤浸润淋巴细胞）的信息数据。在不可切除或复发性恶性肿瘤的治疗策略中，靶点不仅是原发灶，而且是转移灶，而转移灶往往对化疗耐药。与结直肠癌不同，胃癌中的原发性和转移性病变之间存在遗传变异的异质状态。液体活检分析也有助于预测原发性和转移性病变的基因组状态。基因组学已经成为胃癌治疗不可或缺的工具，未来有望得到进一步发展。为了预测免疫检查点抑制剂对胃癌的抗肿瘤作用并选择适合免疫检查点抑制剂治疗的患者，基因组学不仅提供肿瘤信息，还提供肿瘤微环境（如肿瘤浸润淋巴细胞）的信息数据。在不可切除或复发性恶性肿瘤的治疗策略中，靶点不仅是原发灶，而且是转移灶，而转移灶往往对化疗耐药。与结直肠癌不同，胃癌中的原发性和转移性病变之间存在遗传变异的异质状态。液体活检分析也有助于预测原发性和转移性病变的基因组状态。基因组学已经成为胃癌治疗不可或缺的工具，未来有望得到进一步发展。

关键词： 胃癌，基因组学，下一代序列，液体活检，精准医学

胃癌精准治疗的基本信息

胃癌 (GC) 在全球每年的发病率超过 100 万，是许多国家的主要健康问题，在亚洲、非洲、南美和东欧的发病率很高。全世界有超过 700,000 名胃癌患者死亡。

胃癌是一种按组织病理学变异分层的异质性疾病。Lauren 提出的组织病理学分类，将胃癌分为“肠”和“弥漫”亚型，应用最广泛。肠型胃癌与主要由幽门螺杆菌感染引起的肠化生有关，具有管状或腺体结构，而弥漫型胃癌通常由分化差的肿瘤细胞组成，这些细胞缺乏粘附并以单个细胞或小亚群浸润基质。尽管这些组织病理学差异与胃癌预后相关，但组织病理学变化并未常规用作确定胃癌治疗和管理的基础。

新一代序列（新一代测序技术基因检测）技术已广泛应用于基因组学、表观基因组学、转录组学等领域。揭示整个外显子组或整个基因组中的拷贝数变异、单核苷酸变异 (SNV) 和基因融合事件 。RNA测序（RNA-seq）是转录组学的一种，不仅可以从大量转录组数据中读取RNA片段或互补DNA（cDNA）的每一个碱基，还可以对几种亚型进行分类，包括外显子reads、junction reads、poly (A) 末端读取和非编码 RNA；组装有或没有参考基因组的转录组；并评估基因表达谱。在表观基因组学中，染色质免疫沉淀 (ChIP) 测序用​​于分析与这些转录因子、其他染色质相关蛋白（即非组蛋白 ChIP）或与修饰核小体相对应的位点（即组蛋白 ChIP）结合的 DNA 片段) 特别选择使用抗体 。使用测序 (ATAC-seq) 进行转座酶可接近染色质的测定是一种表观基因组学技术，它使用转座酶捕获开放染色质位点，该转座酶只能插入开放染色质区域，揭示开放染色质基因组位置、DNA 结合之间的相互作用核苷酸分辨率下的蛋白质、单个核小体和染色质压实 （图 2））。使用 新一代测序技术基因检测 进行癌症基因组、表观基因组和转录组分析的发展最近揭示了各种恶性肿瘤和基因组信息之间的关系。2014 年，WES 和 WGS 对胃癌的一些研究也有报道，揭示了胃癌基因组学的整个结构。这些研究将有助于确定恶性疾病的新治疗靶点。此外，一些现有的治疗药物，包括化疗、分子靶向治疗和免疫检查点抑制剂 (ICIs)，已被选择用于适当的患者群体。在临床实践中，基于对从个体患者获得的肿瘤组织进行多重基因组检测的个性化医疗已经投入实际应用。这些基因组数据将为确定胃癌治疗提供信息，并被视为与临床分期一样具有指导意义，包括原发性肿瘤侵袭的程度、区域淋巴结受累和转移扩散的存在。

图1：具有下一代测序的基因组学、表观基因组学和转录组学。在基因组学中，全外显子组序列和全基因组序列，系统地读取 DNA 的每一个碱基，可以揭示整个外显子组或全基因组中的拷贝数变异、单核苷酸变异和基因融合事件。在表观基因组学中，染色质免疫沉淀测序用于分析与这些转录因子、其他染色质相关蛋白或与使用抗体专门选择的修饰核小体相对应的位点结合的 DNA 片段。使用测序对转座酶可接近的染色质进行测定是一种表观基因组学技术，它使用转座酶捕获开放染色质位点，该转座酶只能插入开放染色质区域，揭示开放染色质基因组位置之间的相互作用，核苷酸分辨率下的 DNA 结合蛋白、单个核小体和染色质压实。RNA测序（RNA-seq）是一种转录组学技术，不仅可以从大量转录组数据中读取RNA片段或互补DNA的每一个碱基，还可以分为三种类型，包括外显子读取、连接读取和多聚(A) end-reads，在有或没有参考基因组的情况下组装转录组，并评估基因表达谱

在这篇综述中，我们重点介绍了胃癌基因组学的基础和临床进展，并重点关注基因组靶点和治疗政策的直接临床可操作性。

胃癌的分子分类

癌症基因组图谱 (TCGA) 和亚洲癌症研究小组将胃癌分为 4 种分子亚型：染色体不稳定性 (CIN)、基因组稳定性 (GS)、微卫星不稳定性 (MSI) 和 Epstein-Barr 病毒 (EBV) 阳性作为 DNA-基于更改 (图. 2）。已经阐明了四种亚型中每一种的一些特征性基因组异常，这将有助于确定胃癌中的新治疗靶点。CIN的大多数亚型对应于肠型，而大多数亚型GS对应于GC组织病理学分类中的弥漫型。酪氨酸激酶受体扩增通常在亚型 CIN 中发现，并且磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸 3-激酶催化亚基 α (PIK3CA)和富含 AT 的相互作用结构域 1A (ARID1A)基因突变在 MSI 和 EBV 亚型中富集。针对这些激酶的研究和临床试验正在取得进展，未来可能会出现新的治疗方法。此外，程序性细胞死亡配体 1/2 (PD-L1/2)通常通过基因扩增和 EBV 阳性亚组中的结构变异过度表达，ICIs 可能是有效的。在 MSI 亚型中，具有高频基因突变和新抗原表达，ICIs 也有效 。同时，与其他亚型相比，GS亚型中很少发现基因组异常，包括染色体扩增和缺失。因此，ICIs 被认为对 GS 亚型无效。事实上，在 61 名转移性胃癌患者中，ICIs 对 GS 亚型的疗效仅为 12%，而对 MSI 亚型和 EBV 阳性的疗效分别为 85.7% 和 100.0% 。此外，人表皮生长因子受体 2 (HER2)的表达可以作为治疗靶点，在 GS 亚型中较低。因此，需要先进的方法来改善 GS 亚型的预后。

图 2

通过基因组学分类的胃癌分子亚型。胃癌分为四种分子亚型：染色体不稳定性（CIN）、基因组稳定性（GS）、微卫星不稳定性（MSI）和爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）阳性。CIN的大多数亚型对应于肠型，并伴有TP53突变和酪氨酸激酶受体-RAS信号放大。根据胃癌的组织病理学分类，大多数 GS 亚型对应于弥漫型。在 MSI 和 EBV 阳性亚型中，磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸 3-激酶催化亚基 α ( PIK3CA ) 和富含 AT 的相互作用结构域 1A (ARID1A)基因突变丰富。此外，程序性细胞死亡配体 1/2 (PD-L1/2) 通常通过 EBV 阳性亚组中的基因扩增和结构变异过表达

胃癌的风险，包括种系突变和体细胞变异

1998 年描述的遗传性弥漫型胃癌(HDGC) 是一种癌症综合征，其特点是弥漫型胃癌和常染色体显性遗传乳腺癌的高发病率 。大多数确诊的 HD胃癌病例是由编码 E-cadherin 的cadherin 1 (CDH1)的失活种系突变引起的，而少数 HD胃癌病例是由α-catenin (CTNNA1)的突变引起的。此外，没有CDH1变体的 HD胃癌患者的 WES揭示了一些种系突变，例如BRCA1/2、BRCA2 的伙伴和定位子 (PALB2)和RAD51突变。然而，HD胃癌只是整个胃癌的一小部分，遗传的遗传变异对胃癌的贡献 < 3% 。一般来说，GC的发展不仅是由于遗传因素，还有环境因素，如幽门螺杆菌感染。因此，很难准确估计GC与各种遗传因素之间的关联。

2020 年，针对 243 名日本胃癌参与者的 WES 报告并揭示了生殖系CDH1变异，其中大部分表现为弥漫型胃癌，并归因于日本和韩国人共有的少数复发性 SNV 。这种变异在弥漫型胃癌的 13.3%（14/105 参与者）中显示，由 5 个 SNV 组成，其中 4 个包含在与 HD胃癌相关的种系变异中。然而，该变异不一定与胃癌家族史有关，一半的参与者被认为是散发病例。虽然罕见种系CDH1的频率变异为 3.4%，这可能是检测高危胃癌人群的重要信息。该研究还进行了 WES 以比较 319 名亚洲患者和 212 名非亚洲患者的胃癌外显子组谱，并揭示了具有酒精相关突变特征和亚洲特异性缺陷醛脱氢酶 2 家族成员等位基因的不同胃癌亚类 。基因组学也可用于检测有胃癌风险的人群。

弥漫型胃癌的基因组学和体细胞突变的可能治疗靶点

大多数弥漫型GC，被称为预后不良的GC的组织病理学分类，通过基因组分析与分子亚型中的GS亚组相对应，具有低频结构染色体畸变和基因突变，可以作为治疗的靶点。因此，已经使用各种基因组学方法进行了许多关于澄清弥漫型胃癌的研究。一些特征性遗传变异，例如CDH1种系突变和Ras 同源家族成员 A (RHOA)驱动基因突变，已知是 GS 亚型的一部分。CDH1的种系突变，cording E-钙粘蛋白（细胞粘附分子之一）似乎不是治疗的目标，因为那是功能丧失突变。同时，新发现的作为 GS 亚型驱动基因的RHOA信号突变有望成为治疗靶点，因为存在一些热点的RHOA基因突变，如 Y42C、R5W、G17E、L57V 和 L69R，被称为功能获得性突变。因此，它有可能成为治疗的靶点，尽管RHOA的下游仍存在争议。然而，RHOA是一种鸟苷三磷酸 (GTP) 结合蛋白；因此，很难开发出KRAS等抑制剂。

此外，结构异常，如融合基因，可以通过全基因组或全转录组分析来检测。在弥漫型胃癌中，已报道了多个claudin 18 (CLDN18)-rho GTPase 激活蛋白 (ARHGAPs)融合基因，由于 ARHGAP 与RHOA存在于同一通路中，它可能与 RHOA 的变体和基因异常有关。RHOA信号通路 。在一份分析 32 例胃印戒细胞癌的报告中，在 8 例（25%）中发现了CLDN18-ARGAP26/6融合基因 。在另外 797 名患有胃印戒细胞癌的参与者中，具有CLDN18-ARGAP26/6融合基因的患者比没有CLDN18-ARGAP26 /6 融合基因的患者年轻（平均 51.3 岁对 60.7 岁），并且这种融合是女性比男性更常见（18.5% 对 4.6%）。不幸的是，在具有CLDN18-ARGAP26/6融合基因的胃癌患者中，接受化疗的患者和未接受化疗的患者的预后没有显着差异。对弥漫型胃癌参与者的另一项遗传分析也表明，与没有CLDN18-ARGAP融合。考虑到这些事实，目前的化学疗法可能对具有CLDN18-ARGAP26/6融合基因的胃癌无效。CLDN18.2 是一种上皮紧密连接蛋白，严格局限于胃黏膜的紧密连接。然而，在胃癌中，细胞极性的扰动导致 CLDN18.2 暴露在癌细胞表面并被抗体靶向。AMG 910 是一种抗体构建体，旨在使 CD3 阳性 T 细胞与表达 CLDN18.2 的胃癌细胞结合，目前正在研究其对 CLDN18.2 阳性胃癌或胃食管交界处 (GEJ) 腺癌的抗肿瘤作用，预计将有效 。

熊谷等人。报道了具有RHOA异常的胃癌的肿瘤微环境 (TME) 。肿瘤浸润淋巴细胞 (TIL) 的基因组分析和流式细胞术揭示了一个与免疫反应相关的基因低表达和调节性 T 淋巴细胞 (Treg) 高频浸润的子集，几乎一半的子集具有RHOA Y42C 突变。癌细胞中的RHOA突变激活了磷酸肌醇 3 激酶 (PI3K)-AKT -哺乳动物雷帕霉素靶蛋白 (mTOR)信号通路，并减少了 C-X-C 基序趋化因子配体 (CXCL)10/CXCL11，募集 CD8 + 的效应子T淋巴细胞。此外，脂肪酸合酶基因在RHOA中上调与RHOA野生型胃癌细胞相比，Y42C 突变的胃癌细胞表明通过 Tregs 合成的脂肪酸的摄入量上调。他们还展示了抗程序性细胞死亡 1 (PD-1) 抗体和 PI3K 抑制剂在新植入RHOA Y42C 突变胃癌株的小鼠异种移植模型中的功效，表明抗 PD-1 抗体和 PI3K 抑制剂的组合比单独使用抗 PD-1 抗体更有效。因此，在RHOA Y42C 突变的胃癌中，Treg 细胞的高频浸润和对胃癌的免疫反应被下调。未来的一种可能性是，抗 PD-1 抗体和 PI3K 抑制剂的联合治疗可能会提高RHOA的治疗效果Y42C突变的GC患者。最近，多组学对胃癌恶性腹水的研究显示，播散性胃癌分为 2 组，其中 1 组根据表达谱具有活跃的 EMT，通过 SMAD3 SE 激活转化生长因子-β通路激活和高表达转录增强因子 TEF-1 。TEAD通路的抑制可以避免对治疗的抵抗，这表明了一种潜在的分子指导治疗策略。在 TCGA 报告中，已知 GS 亚型与弥漫型胃癌重叠，但并不完整，TCGA 队列中有 29 例（42.0%）弥漫型胃癌不是 GS 亚型 [ 12]。尽管在 Tanaka 等人中审查了所有案例。有腹腔内转移和恶性腹水，晚期弥漫型GC的特征，CDH1变异50例（52.1%），RHOA变异15例（15.3%）。然而，它们有几个不是 GS 亚型的典型特征。与 TCGA胃癌队列相比，该队列的肿瘤突变负荷高于 GS 亚型。此外，在 45% 的病例中观察到RTK-Ras通路基因高度扩增，包括KRAS (19.4%)、FGFR2 (11.2%)、MET (7.1%)、HER2 (5.1%) 和表皮生长因子受体（EGFR, 4.1%)，扩增频率高于 TCGA 队列中弥漫型胃癌(32.4%) 和亚型 GS (17.5%)。这些结果表明，该队列可能具有遗传变异的独特特征。这种新方法不仅使我们能够了解胃癌的显着基因组特征，而且还展示了治疗靶点。

胃癌免疫检查点抑制剂

最近，重新激活肿瘤相关 T 淋巴细胞的免疫检查点抑制剂已被证明对各种类型的恶性肿瘤有效。GC也用ICI治疗；但是，响应率是有限的。因此，预测ICI对GC的抗肿瘤作用并选择适合ICI治疗的患者具有重要意义。为此，在临床实践中，PD-L1 表达通常通过基于肿瘤比例评分 (TPS) 和联合阳性评分 (CPS) 的免疫组织化学 (IHC) 进行评估。

在本例中，不可切除或复发的胃癌成为恶性疾病，这是免疫检查点抑制剂的指征。ATTRACTION-2 研究报告了 nivolumab 作为三线药物的抗肿瘤作用或增加化疗的作用。KEYNOTE-158 和 KEYNOTE-061 研究也报道了派姆单抗作为 MSI 高胃癌的二线或更高级别化疗的效用。对于各种恶性肿瘤，包括 MSI 高的胃癌，派姆单抗的反应率和无进展生存期 (PFS) 在 KEYNOTE-158 中是有利的。在 KEYNOTE-061 中，派姆单抗在 MSI 高亚组中显着优于紫杉醇单药治疗。胃癌中 MSI-high 的频率有限（6.3-21.9%），尤其是在亚洲人中。然而，必须选择化疗来治疗胃癌。需要更多的研究来确定 MSI-high 的临床意义。

还评估了免疫检查点抑制剂作为一线化疗的效用。KEYNOTE-062 研究旨在评估派姆单抗、派姆单抗联合化疗（顺铂加氟尿嘧啶或卡培他滨）或单独化疗在 PD-L1 CPS 为 1 或更高的未治疗胃癌和 GEJ 腺癌患者中的抗肿瘤活性。派姆单抗不劣于化疗，不良事件较少 。尽管 PD-L1 抑制剂联合化疗并不优于单独化疗，但派姆单抗可作为 PD-L1 CPS ≥ 1 的胃癌患者的一线化疗。为了进一步提高抗肿瘤作用，可能需要用于提取更有效治疗靶点的生物标志物。

CheckMate 649 试验评估了基于 PD-1 抑制剂的一线化疗。将肿瘤不可切除、PD-L1 CPS≥5、非HER2阳性GC、GEJ或食管腺癌的参与者分为3组，分别接受纳武利尤单抗+化疗（奥沙利铂+卡培他滨或氟尿嘧啶、亚叶酸）、纳武利尤单抗+易普利姆玛或化疗分别单独。最少随访 24 个月后，PD-1 抑制剂加化疗在总生存期（OS、中位 OS，14.4 个月 vs 11.1 个月）和 PFS（中位 PFS，7.7 个月 vs 6.0 个月）方面优于单独化疗。结果揭示了 PD-1 在胃癌中对非 HER2 阳性、PD-L1 CPS ≥ 5 的效用。此外，在所有随机分组的患者中，纳武利尤单抗联合化疗对 OS 的改善明显优于单独化疗（中位 OS，13.8 个月 vs 11.6 个月）。目前，纳武利尤单抗加细胞毒化疗是不可切除或复发性胃癌的标准一线治疗。同时，与单独的化疗相比，纳武利尤单抗加易普利姆玛对 OS 的抗肿瘤作用并不优于单独的化疗，尽管双重检查点抑制已被证明对多个实体瘤有效。在接受纳武单抗加易普利姆玛治疗的胃癌参与者中也观察到早期死亡率增加，这是一种已知与免疫肿瘤治疗相关的现象。同时，PD-L1 和 CTLA-4 联合治疗倾向于延长无进展生存期。需要进一步的研究来评估肿瘤生物学、分子异质性、TME 和其他患者因素如何影响联合 PD-L1 和 CTLA-4 阻断的疗效。基因组学可能有助于发现更详细的因素来预测胃癌的治疗效果。

在 III 期 KEYNOTE-811 试验中，评估了派姆单抗对不可切除的 HER2 阳性胃癌或 GEJ 腺癌的抗肿瘤作用。在曲妥珠单抗和细胞毒化疗中添加派姆单抗在一些参与者中诱导完全缓解，并且与仅使用曲妥珠单抗和细胞毒化疗相比显着提高了缓解率（74.4% vs 51.9%）。在 KEYNOTE-811 中，尽管已知意向治疗人群中有 0.7% 的参与者患有 MSI 高肿瘤，但 84.1% 的参与者的 PD-L1 CPS 为一个或多个。有趣的是，确定派姆单抗加曲妥珠单抗和化疗对 OS 的相对益处是否主要与 PD-L1 表达相关。同时，在 KEYNOTE-062 中，对于 PD-L1 CPS 为 1 或更高的胃癌患者，派姆单抗和细胞毒性化疗的组合并不优于单独的化疗。由于派姆单抗加曲妥珠单抗提高了反应率，联合治疗可能是合理的。在之前使用患者衍生的胃癌类器官的研究中，PD-L1 表达在HER2敲低时降低，导致PD-L1/HER2 阳性胃癌细胞中AKT-mTOR通路的抑制，并与细胞毒性 T 淋巴细胞的增加相关增殖。这些结果表明HER2和PD-L1的共表达可能有助于肿瘤细胞免疫逃逸。这可以解释为什么 pembrolizumab 和曲妥珠单抗的组合有利于胃癌治疗。

基因组学预测免疫检查点抑制剂对胃癌的影响

MSI-high 是众所周知的预测免疫检查点抑制剂对恶性肿瘤的抗肿瘤作用的标志物，也已通过基因组测序发现。此外，基因组学揭示了一些与免疫检查点抑制剂对恶性肿瘤的反应率相关的替代标志物，例如 TME 和肠道菌群中高度活化的免疫细胞 。还评估了表观基因组变化，并且还显示了预测对胃癌的免疫检查点抑制剂治疗反应的潜力。使用 ATAC-seq 评估患者外周血中循环 CD8 + T 淋巴细胞的全基因组染色质可及性。循环 CD8 阳性 T 淋巴细胞特定基因组位置的高染色质开放性表明比封闭染色质显着更好的存活率。。

除了常规的癌细胞基因组序列外，还可以分析 TILs 的抗原受体库，这使得更全面地了解对肿瘤的获得性免疫的概况成为可能。在亚型之间的 TME 中观察到显着的异质性 。MSI-high 和 EBV 阳性胃癌含有许多强烈的 T 细胞浸润，这是 GS 的一种亚型，其中一半具有富含 CD4 + T 细胞、巨噬细胞和 B 细胞的三级淋巴结构 (TLS)。相反，大多数 CIN胃癌表现出 T 细胞排斥和浸润巨噬细胞。此外，免疫差的 CIN胃癌与MYC活性和CCNE1扩增相关，这些特征对于预测免疫检查点抑制剂的抗肿瘤作用可能是必不可少的。

最近，通常认为在抗肿瘤免疫中起主要作用的T细胞以及负责体液免疫的B细胞由于它们在肿瘤免疫中起重要作用而受到关注。在一份关于弥漫性胃癌组织中 TILs 的抗原受体库分析的报告中，单克隆 B 细胞在许多情况下增殖，其抗体的主要抗原是硫酸化糖胺聚糖 。ICI 和 B 细胞之间的关系也有报道。在恶性黑色素瘤和肾细胞癌中，与B细胞相关的基因在免疫检查点抑制剂反应组中更富集和表达，B细胞浸润​​癌组织并在癌组织中形成TLS。有趣的是，成熟的 TLS 可能与肿瘤组织中 T 淋巴细胞的激活有关。

胃癌精准医疗

WGS 显示，胃癌可根据分子病理学分为 4 种亚型 ，而每个病例都具有癌症基因组的异质性和不同的基因变异模式。需要评估胃癌亚型和治疗效果组合的临床研究，以评估根据遗传变异模式分类的罕见胃癌亚型的治疗效果。因此，建立了一项称为主方案的指定研究，以评估对按遗传特征分层的每个亚组的治疗效果。伞式研究是在单一疾病背景下研究多种靶向治疗的主要方案。在 715 名转移性胃癌参与者中，VIKTORY 伞式试验是一项指定的临床研究，旨在根据胃癌中的遗传变异和分子标志物表达评估每个亚组的标准化疗和特异性分子靶向治疗 （表1）。在生物标志物特异性试验中，105 名参与者被分为 8 个亚组，包括RAS（突变或扩增）/ MEK特征（高或低）、TP53（突变）、PIK3CA（突变或扩增）、MET（扩增）、MET（ 3 + 由 IHC）、TSC2（空）、RICTOR（放大）和所有负面的；选择性联合治疗的效率分别由每个信号通路的抑制剂和抗微管剂组成。结果，在所有亚组中，与接受标准治疗的另一组相比，接受选择性治疗组的 OS 显着延长（中位数 9.8 个月 vs 6.9 个月，P值 < 0.0001）。特别是，与其他亚组相比，在使用 MET 抑制剂 savolitinib 治疗的MET扩增亚组中观察到最大的肿瘤减少效果。此外，沃利替尼在肿瘤组织中经常出现MET扩增的参与者中更有效。MET的游离 DNA (cfDNA)不仅与抗肿瘤作用有关，而且与化疗相关的肿瘤进展和复发有关。结果表明，液体活检也可能在精准医学中有用。2021 年，针对胃食管腺癌的个体化抗体（一项 II 期伞形研究）也有报道 （表​​​1）。参与者分为 8 个亚组，包括免疫肿瘤学（PD-L1 CPS > 10、高微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷 > 15 个突变/兆碱基和/或 EBV 阳性）、HER2扩增、EGFR扩增、FGFR2扩增、MET扩增, MAPK/PIK3CA异常、EGFR 过表达、全部阴性，并且针对每个信号通路接受了额外的选择性抑制剂，即纳武单抗、曲妥珠单抗、ABT-806（EGFR 抑制剂）、贝马妥珠单抗（FGFR2 抑制剂），无可用（两名参与者被排除在意向治疗之外（ ITT）分别接受了克唑替尼（一种 MET 抑制剂）、雷莫芦单抗（VEGFR2 抑制剂）、ABT-806 和雷莫芦单抗。每个历史对照组的参与者仅接受细胞毒治疗。通过 ITT 分析的 68 名参与者中，1 年生存率为 66%，中位 OS 为 15.7 个月。一线反应率 (74%)、疾病控制率 (99%) 和中位 PFS (8.2 个月) 优于历史对照。

表格1

使用主要方案评估胃癌化疗的临床研究

MSI-H微卫星不稳定性高，CPS联合阳性评分，EBV爱泼斯坦-巴尔病毒，TMB肿瘤突变负荷，mFOLFOX改良 FOLFOX

液体活检在胃癌中的应用

一些研究还揭示了液体活检在预测治疗对胃癌的影响方面的效用。各种分子靶向疗法也已尝试用于不可切除或复发的胃癌。抗 HER2 抗体曲妥珠单抗仅被指示为 HER2 阳性胃癌的一线治疗 。

将拉帕替尼（一种表皮生长因子受体和 HER2 的酪氨酸激酶抑制剂）添加到卡培他滨加奥沙利铂中并没有增加 HER2 扩增的胃癌和 GEJ 参与者的 OS 。然而，HER2阳性胃癌对曲妥珠单抗的反应率有限。因此，为了预测曲妥珠单抗对 HER2 阳性胃癌的影响，使用了基于液体活检的循环肿瘤 DNA (ctDNA)，一种 cfDNA 。因此，HER2基因的体细胞拷贝数改变 (SCNA) 与荧光原位杂交 (FISH) 数据高度一致，与基线和 PD 水平相比，治疗期间HER2拷贝数下降，因为HER2通过曲妥珠单抗的抗肿瘤作用减少了扩增克隆。此外，与基线相比，先天性曲妥珠单抗耐药患者在进展期间表现出较高的HER2 SCNA 水平，而获得性耐药患者的HER2 SCNA 水平下降。耐药相关的肿瘤进展似乎与血液中HER2扩增拷贝的持续或复发相互关联。此外，NF1、PIK3CA/R1/C3和HER2/ERBB4突变对耐药性有很大贡献，而ERBB4 S774G 突变增加了对曲妥珠单抗治疗的敏感性。此外，检测到的HER2SCNA水平在预测肿瘤缩小和进展方面优于血浆癌胚抗原水平。这些结果表明，ctDNA 分析可能有助于监测曲妥珠单抗耐药的发生和分析潜在的分子机制。考虑到患者组织获取的侵入性，恶性病变的临床和基因评估不能重复。液体活检可以提供可以重复获得的信息数据，而不是肿瘤组织分析。

还评估了 EGFR 抗体（如西妥昔单抗和帕尼单抗）对胃癌的效率；然而，对胃癌参与者的 OS 没有额外的影响。然而，抗 EGFR 抗体治疗可能对生物标志物选择的人群有效。REAL3 试验是化疗或化疗加抗 EGFR 单克隆抗体帕尼单抗的随机一线 III 期临床试验，旨在评估帕尼单抗对EGFR扩增的胃癌 的抗肿瘤作用。EGFR的拷贝数通过 FISH 或数字滴 PCR 在参与者的预处理组织和血浆 cfDNA 中进行评估。不幸的是，在化疗中加入帕尼单抗与提高生存率无关，即使在EGFR拷贝数显着增加的参与者中也是如此。同时，在组织和 cfDNA 中可以可靠地检测到EGFR状态，并且在 95% 的病例中观察到两者之间的一致性。根据这些结果，EGFR的液体活检可能有助于在胃癌患者中选择EGFR高表达的人群。该研究还揭示了抗 EGFR 药物和表柔比星之间的拮抗作用，特别是在EGFR-扩增的类器官，表明在未来的组合试验中，对于EGFR扩增的胃癌参与者，EGFR 抑制剂可能不必与蒽环类药物一起使用。

在 TARGET 研究中，对 100 名患有多种恶性肿瘤的参与者的 641 个癌症相关基因组的体细胞突变和拷贝数改变进行了评估，并与福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤组织分析进行了比较  . 当应用 2.5% 的变异等位基因频率 (VAF) 阈值时，100 名参与者中有 41 人发现了可操作的突变，其中 11 人接受了匹配治疗。然而，缺乏评估 ctDNA 基因分型相对于基于组织的基因分型的效用的比较。

SCRUM-Japan GI-SCREEN 和 GOZILA 研究还揭示了 ctDNA 在晚期胃肠癌患者中的效用 。在 GI-SCREEN 中，5621 名参与者接受了基于组织的 DNA 测序，而 1687 名参与者在 SCRUM-Japan GOZILA 中接受了基于 ctDNA 的测序。为了评估 ctDNA 分析与基于组织的基因分型相比在进行了组织和 ctDNA 基因分型的 287 名患者中进行试验的效用，如果克隆性，ctDNA 的阳性预测值 (PPV) 与 ctDNA 突变的克隆性和 VAF 相关为0.3以上，PPV在80%以上。此外，基于 ctDNA 的基因分型显着缩短了筛查时间（11 天 vs. 33 天，P值 < 0.0001）并提高了试验入组率（9.5 对 4.1%，P值 < 0.0001），与基于组织的基因分型相比，不影响治疗效果。在精准医疗中，ctDNA 有助于基于基因组分析预测治疗有效人群。

胃癌转移灶的基因组学

在不可切除或复发性恶性肿瘤的治疗策略中，靶点不仅是原发灶，而且是转移灶，而且转移灶往往对多种药物耐药。对于不可切除或复发的胃癌，考虑基因变异和原发灶的分子表达来确定化疗的类型。在结直肠癌和乳腺癌中，转移性病变的遗传变异与原发性病变几乎相同。在胃癌中，一项研究表明HER2原发性和转移性病变之间的表达状态几乎相同，其中 30-50% 的病例之间存在分化，由另一个报告。一般来说，胃癌是一种基因组异质性恶性疾病，原发灶和转移灶的遗传变异可能存在差异。果胶等。在几组胃癌参与者中对原发性和转移性病变进行基因组学研究，并报告说原发性和转移性病变之间存在遗传变异的异质状态 [ 65]。分别比较接受全外显子组测序的 11 名参与者的原发性和转移性病变之间的突变和扩增，存在约 42% 的基因突变和 63% 的基因扩增状态差异。在这些队列中，TP53突变在每种情况下的原发性和转移性病变之间几乎是同质的，而PIK3CA的突变和EGFR、HER2、CDK4/6和MET的扩增在它们之间是异质的。75% 的参与者存在与酪氨酸激酶受体相关的遗传变异的异质性，尤其是HER2的异质性变体出现在 60% 的病例中。在 87.5% 的原发灶和转移灶之间存在靶向遗传变异异质性的病例中，cfDNA 分析的结果与转移灶的基因分析结果一致。因此，cfDNA 反映了转移性病变中的遗传变异；因此，一些参与者可以根据 cfDNA 分析接受足够的治疗。在临床实践中，通常不进行转移性病变的基因组学，因为诊断后需要额外的组织采集。然而，如果可以通过分析 cfDNA 作为替代标志物获得转移性病变的基因组数据，那么胃癌患者可能能够接受足够的治疗并延长他们的 OS。

在基因组和转录组图谱中，还显示了浅表原发性肿瘤病变和淋巴结转移性病变之间的差异 。在这项研究中，对原发肿瘤的浅表和深层亚区进行了注释，并使用基因组和转录组学分析评估了胃癌切除标本的淋巴结转移。结果，IGF1、PIK3CD 和 TGFB1 在深部亚区和/或淋巴结转移病灶中过表达，但在浅亚区没有。此外，深亚区和/或淋巴结转移病灶中存在的 40% 突变不在浅亚区，尽管浅表病灶中只有 6% 的突变不在深亚区和/或淋巴结转移病灶中。这表明通过内窥镜活检从原发性胃癌病变获得的标本不适合基因组和转录组分析，尽管它们用于临床诊断。

结论

基因组学揭示了胃癌的亚型和治疗靶点，而 TME 的免疫系统，如 TIL 和 TLS，已成为通过免疫检查点抑制剂预测抗肿瘤作用的生物标志物。精准医学已在临床上使用，并允许对每位胃癌患者进行特定的分子靶向治疗，以改善他们的预后。同时，胃癌存在基因组瘤内异质性，这可能与抗肿瘤治疗耐药有关。因此，需要对转移性病变进行基因组分析，包括液体活检，以制定更合适的治疗策略。然而，有些病例，尤其是 GS 亚型，不一定适应以前的化疗，包括细胞毒治疗、分子靶向治疗和 ICI。RHOA用于 GS 亚型，用于治疗胃癌。基因组学不仅可用于识别治疗胃癌的靶点，还可用于筛查和预测胃癌的复发。此外，通过液体活检监测基因组变异，可以为具有基因组改变的胃癌选择合适的治疗方法。基因组学已成为胃癌临床实践中不可缺少的工具，有望在未来得到进一步发展。