【佳学基因检测】基因检测包在肾脏疾病诊断性检测中的应用

靶向测序基因检测包-目标面板基因检测

NGS基因面板，也叫做基因检测包是对选 定的机检测机构认定的需要检测的基因进行定向富集，所以对单个基因的富集程 度WES或WGS更高，分析更快，介价格更便宜。这种基因检测包被提议为对遗传性肾病分子诊断基因 检测的一的一线测试。在这种方法中，对患者的一组基因进行检测是，而选择的基因通与考虑的临床表征的范围有相关；例如，对肾病综合征患者经常选用一个该疾病遗传形式有关的基因组成的基因检测包进行测试。

由于NGS面板正迅速成为一线诊断性测试，因此，它们能够准确地知首在人们选 择的基因检测包中是否存在特定的基因突变。美国医学遗传学和基因组学学院（ACMG）、英国临床遗传科学协会（ACGS）和欧洲人类遗传学协会（ESHG）等组织已经发布了关于基因测序的覆盖率、测序深度以及其他质量指标的临床NGS技术指南。对于某些区域例如具有高GC含量的区域（例如，与阿尔波特综合征（OMIM 104200；203780）和薄基底膜病（OMIM 141200）发生相关的COL4A3的第一外显子）和具有高同源性序列的区域 （如，与常染色体显性多囊肾病（OMIM 173900）相关的PKD1基因），NGS覆盖率很低，实验室通常采用其他方法，如Sanger测序和长程PCR，以确保所有靶区在足够的深度上得到全面覆盖。

由于测序是选择性的，靶向基因检测包不会发现所关心的主要适应症无关的基因中产生的突变，从而产生必需进行第二次检测的负担。如果采用基因要检测包进行检测，结果为阴性，即没找致到致病基因，临床医生可以选择另一个覆盖的基因 数量更多的基因检测包，或直接进行WES或WGS。这种序贯手术可能是目前最全面和最具成本效益的方法，尤其患者 的临床特征强列说明该患者是患某种特定的遗传性疾病。
 

肾病基因检测包的应用：

靶向基因检测包是一种对多种肾脏疾病敏感且具有成本效益的诊断检测方法，包括肾病综合征、肾结石病、肾结核相关纤毛病（NPHP-RC）和CAKUT，尽管在对家族性和/或儿科病例的进行检测进，检出率因疾病种类的不同出现变化，这种有针对性的基因检测特别适合于参与的基因异质性低的疾病。
 

例如，三个基因COL4A3、COL4A4和COL4A5的突变导致阿尔波特综合征（OMIM 104200；203780；301050）和及其表征温和的形式薄基底膜病（OMIM 141200）78,79。这些基因的靶向NGS测序在101例经过临床诊断为家族性血尿的患者中，为84例患者检测到致病基因突变（检出训练场为83%）。结合使用多重连接依赖性探针扩增（MLDP）、CMA和Sanger测序，能够在NGS测序不能有效检测的区域找到大型基因重排和其他致病基因突变。
 

然而，许多肾脏疾病的基因原因是异质性的许多肾病相关基因的突变在临床的表现也非常不同，说明基因因素和环境因素共同作用于肾脏疾病的发生。在这种情况下，设计一个适当平衡敏感性和特异性的基因小组是一个困难。限制面板中的基因数量减少了测试所需的成本和时间；然而，随着新基因的发现，该基因检测包可能需要频繁更新，而且先前发现的相关基因与疾病的相关性比最初报道的的要弱。检测更多的基因可提高诊断敏感性，但也可提高不确定意义变异（VUS）的检出率，使基因检测的结果解释和临床随访复杂化。例如，对23个已知的与CAKUT常染色体形式相关的基因进行靶向测序，诊断率约为8%：对常染色体显性形式的17个基因进行测序检测时诊断 下降为6%。而如果选基因检测包括的是常染色体隐性形式的6个基因，则检出训练场下降为2.5%。一个由208个与综合征或孤立性CAKUT相关的基因组成的扩展测序基因检测包，包括基因解码分析与该病相关的基因，在453名患者中，为151名患者找到了致病基因 ，检出率为33%。为69名先前只发现了意义未明的基因突变的患者中的32名找到致病基因突变。如果将检测包中的基因进一步扩展到330个基因，进行基因组检测，在204例患者中的122例找到了致病基因突变，检出率由由33%上升到60%。但是89名患者中检测到了120个意义未明突变。
 

对于表现更不明确的患者，针对所有已知疾病相关基因的“孟德尔组”被认为是一种时间和成本效益高的一线测试，迄今为止，研究报告了一系列对一系列临床疾病的高诊断率。这种基因检测检测扩展已知疾病的临床症况。但是需要定期更新以包括新发现的疾病相关基因。因此，孟德尔组相对于WES和WGS的诊断效用和成本效益值得进一步深入研究。