《三阴性乳腺癌基因检测对治疗的帮助作用》对六种三阴性乳腺癌亚型进行了PAM50亚型分析，并比较了它们的PAM50分子固有亚型。结果发现，除LAR和MSL亚型外，所有三阴性乳腺癌亚型主要由基底样亚型组成（BL1[99%]、BL2[95%]、IM[84%]和M[97%]）。LAR亚型包括HER2（74%）和luminal B（14%）；MSL亚型包括基底样（50%）、正常样（28%）和管腔B型（14%）。《乳腺癌肿瘤850精准用药基因解码》对不同三阴性乳腺癌亚型进行了预后分析，发现LAR亚型具有较高的无远处转移生存率和总生存率（OS），而M和BL2亚型的预后较差。M和BL2亚型的3年复发率明显高于LAR亚型。此外，对130例接受蒽环类药物和紫杉醇化疗的三阴性乳腺癌患者的回顾性分析表明，尽管总体病理完全缓解（pCR）率为28%，但亚型之间的特异性反应存在显著差异。BL1亚型的病理完全缓解（pCR）率最高（52%），而BL2、LAR和MSL亚型的病理完全缓解（pCR）率分别为0%、10%和23%。
作为上述分子亚型的补充，《乳腺癌的致病基因鉴定》分析了198例患者的样本，并将三阴性乳腺癌分为四个亚型：LAR型，表达AR和细胞表面粘蛋白MUC1型；M型， 表达生长因子受体（血小板衍生生长因子受体α[PDGFRα]和c-Kit受体）；BLIS（基底样免疫抑制）型，表达免疫抑制分子VTCN1；BLIA（基底样免疫激活）表达STAT信号转导分子并释放细胞因子。预后分析显示，无病生存率（DFS）的顺序为BLIA>M>LAR>BLIS（p = 疾病特异性生存率（DSS）为BLIA>M>LAR>BLIS（p = 0.07)。
肿瘤精准用药基因解码研究团队还在试图进一步明确三阴性乳腺癌分子亚型是否与不同种族和民族的临床结果差异有关。迄今为止，基于对基因解码接受程度的差异，与白人女性相比，非白人女性很少被纳入到具有三阴性乳腺癌基因检测分型的研究中，尽管西班牙裔和非裔美国女性在三阴性乳腺癌患者中所占比例都高于白人女性。即使在癌症基因组图谱（TCGA）中有1000多名女性患乳腺癌，也很少有样本来自患有三阴性乳腺癌的非高加索女性。乳腺癌的分子分型研究使用nCounter基因表达编码集，将48名西班牙裔、12名非裔美国人、21名亚裔和34名白种人的三阴性乳腺癌分为亚型：BLIA、BLIS、LAR和M。未发现家族史、种族和民族与四种亚型的总体分布之间存在关联。在多变量Cox比例风险模型中，西班牙裔女性在BLIS患者中所占比例显著较高（53%，p = 而亚洲女性在BLIS患者中所占比例较低（19%，p = LAR患者比例较高（38%，p = 0.06）与所有组的平均比例相比。该研究中的亚洲女性代表的BLIS患者数量显著减少，LAR患者数量显著增加，并显示出最佳的OS，这与之前报道的生存率一致。
与大多数基因检测不同的是，基因解码技术做为技术核心的基因检测项目同时考虑到长非编码RNA（lncRNAs）在肿瘤细胞发生、恶化与转移过程中的重要作用，整合信使RNA（mRNA）和lncRNA转录组图谱的新分类将有助于更好地理解三阴性乳腺癌的异质性，进而使赋予基因解码更为精确地个性化描述能力。在对165个三阴性乳腺癌样本进行分类分析，结合mRNA表达分析和共表达网络分析，以确定mRNA和lncRNAs之间的相互作用后，乳腺癌基因解码研究人员提出并改善了三阴性乳腺癌的分类标准。免疫调节亚型（immunomodulatory subtype，IM）表达一种独特的基因本体（Gene Ontology，GO）分类图谱，并参与免疫细胞的调节。这些调节因子包括细胞因子信号（细胞因子和细胞因子受体之间的相互作用）、免疫细胞信号转导（T细胞受体信号通路和B细胞受体信号通路）、抗原处理和呈递、趋化因子信号通路和免疫信号转导通路（NF-κB信号通路）。IM亚型中高表达的基因都与免疫功能有关，如免疫反应、T细胞共刺激和先天免疫反应。一些参与免疫应答过程的基因（CCR2、CXCL13、CXCL11、CD1C、CXCL10和CCL5）也高度表达，表明IM亚型三阴性乳腺癌与免疫调节密切相关。LAR亚型具有独特的激素调节途径，包括雄激素和雌激素代谢、类固醇激素生物合成、卟啉和叶绿素代谢。过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）信号通路在LAR亚型中也显著增加。尽管免疫组化分析表明LAR亚型为ER阴性，但信号通路表达谱显示雌激素信号通路的激活，表明LAR亚型可能对抗雄激素和传统抗雌激素治疗有反应。间充质样亚型（ME）具有多种独特的GO类成员和信号通路，如细胞外基质-受体相互作用、缝隙连接、TGF-β信号转导通路以及与生长因子相关的通路（ABC转运体和脂肪因子信号通路）。BLIS亚型：BLIS亚型中丰富的GO术语包括细胞分裂、细胞周期、DNA复制和DNA修复调节。在BLIS亚型中，增殖相关基因的表达显著增强，包括CENPF、BUB1和PRC1。因此，BLIS亚型具有高度增殖特性。BLIS亚型中涉及免疫应答（免疫应答和先天免疫应答）、免疫细胞信号（T细胞共刺激、T细胞受体信号通路、B细胞活化和DC细胞趋化）和补体活化过程的基因显著下调。预后分析显示，与其他亚型相比，BLIS亚型患者的RFS更差，复发风险更高。这些结果与Burstein等人之前的统计结果一致。
