【佳学基因检测】仑伐替尼在肾脏癌基因检测后的疗效

靶向药物基因检测导读：

自从基于基因检测结果的靶向药物进入临床应用以后，免疫检查点阻断疗法改善了患有各种类型恶性肿瘤的癌症患者的临床治疗结果，包括黑色素瘤、肺癌、淋巴瘤、结直肠癌、肾细胞癌 (RCC) 等。 用抗 PD-1 或抗 PD-L1（程序性细胞死亡配体 1）抗体（例如帕普利珠单抗、度伐利尤单抗、阿维单抗 或 纳武单抗）阻断程序性细胞死亡 1 (PD-1) 轴可以重振 T 细胞并促进 抗肿瘤免疫。 细胞毒性 T 细胞识别和靶向由主要组织相容性复合体 (MHC) 分子呈递的新抗原有助于消除呈递它们的癌细胞。 抗PD1/PD-L1单药疗法现已获得美国食品药品监督管理局（FDA）批准用于多种癌症； 然而，大多数患者并未受益，需要更好的基于免疫疗法的治疗。 PD-L1 阳性、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和 T 细胞浸润等特征可以通过肿瘤850精准用药基因检测进行明确，具有多种识别对免疫检查点阻断疗法治疗有反应的患者的能力。

在晚期肾细胞患者中，抗 PD-1 单药疗法在 nivolumab 与依维莫司 (CheckMate 025) 的随机 III 期临床试验中改善了总生存期。 然而，反应率仅为 25%，大多数患者均未从任何一种治疗中获益。 为了进一步改善结果，已投入大量精力开发基于抗 PD-1 骨架的免疫疗法联合方案。 一种有前途的策略是将多酪氨酸激酶抑制剂 (TKI) 与免疫检查点阻断疗法结合使用。 例如，已经表明，VEGF 可以直接抑制 T 细胞活性，影响淋巴细胞和抗原呈递细胞 (APC) 的成熟和分化，调节血管生成，调节淋巴细胞运输。 在随机 III 期临床试验中，与舒尼替尼相比，多激酶抑制剂阿西替尼和抗 PD1/PD-L1 疗法的组合已证明与 TKI 单一疗法相比可改善无进展生存期。 然而，这种策略的潜力远未实现，并且大多数基于免疫疗法的联合方案都没有有效的生物标志物。 事实上，PD-L1 定量似乎失去了联合免疫治疗方案的预测能力。

仑伐替尼是一种靶向 VEGFR1-3、FGFR1-4、PDGFRα、Ret 和 Kit 的多受体 TKI。仑伐替尼和 everolimus 的组合被批准用于治疗在一种 VEGF 靶向治疗后进展的晚期肾脏癌； 仑伐替尼也正在研究与帕普利珠单抗联合治疗多种恶性肿瘤。 阻断多种酪氨酸激酶和 PD-1 的联合疗法开始显示出非凡的前景。佳学基因肿瘤用药基因解码基因检测记录并分享了使用帕普利珠单抗加帕博利珠单抗治疗肾脏癌患者的高临床疗效及其基因检测结果相关性。

佳学基因肾脏癌肿瘤基因检测是如何对待基因检测样本的？

使用 Quant-iT PicoGreen dsDNA 分析（ThermoFisher 目录#P11496）测量样品数量，同时使用 TapeStation D1000 ScreenTape（安捷伦目录#5067-5582）评估质量。 在使用 Agilent 2100 Bioanalyzer Instrument® 进行 PicoGreen 定量和质量控制后，使用 KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems KK8504) 使用 144–500 ng DNA 和 8–12 个 PCR 循环来制备文库。 样品条形码编码后，根据产品使用说明书，使用 SureSelectXT 人类全外显子 V4（安捷伦产品目录 #5190-4632）通过杂交捕获 95–500 ng 文库。 捕获后文库的 PCR 扩增进行了 8 个循环。 然后使用 HiSeq 3000/4000 SBS Kit 或 HiSeq Rapid SBS Kit v2 (Illumina®) 在 HiSeq 4000 或 HiSeq 2500 上以快速模式以 100 bp/100 bp 或 125 bp/125 bp 双端运行运行样品 . 正常和肿瘤样本分别被覆盖到平均 118X 和 176X。

佳学基因肿瘤基因检测中的拷贝数分析

使用 FACETS v0.5.6 进行等位基因特异性拷贝数分析 (ASCN)。 除了常规输出外，该工具还为每个肿瘤等位基因提供整数 CN 值。 如果基因组片段的 CN 状态不同于 2:1（即两个总拷贝，每个等位基因一个），则它们被定义为已改变。 最后，通过用总基因组长度归一化所有 CN 改变片段的长度来计算非二倍体基因组的分数。
 

佳学基因肿瘤精准用药基因检测中的HLA-I 基因分型和患者平均 HED 的计算

使用 WES 数据对血液来源的 DNA 进行 HLA-I 基因分型。 Polysolver 是一种先前经过验证的工具，使用默认参数设置来识别个体的 HLA I 类等位基因。 在特定基因座（即 HLA-A、HLA-B 和 HLA-C）具有两个不同等位基因的患者被认为是该基因座的杂合子，而被发现具有六个不同 HLA I 类等位基因的个体被认为是 HLA-I完全杂合子。

如 Pierini 和 Lenz 所述计算 HLA 进化分歧 (HED)。 这种方法涉及提取每个 HLA I 类等位基因的外显子 2 和 3（即肽结合域所在的位置，从 Ensembl 数据库获得）和从 ImMunoGeneTics/HLA 数据库检索相应的蛋白质序列。 在两个 HLA 等位基因比对后，计算每对相应氨基酸的 Grantham 距离度量。 该值表示基于它们的物理化学特性（即组成、极性和体积）的成对距离。 然后用序列的长度对氨基酸距离的总和进行归一化。 结果值（即 HED）表示两个 HLA 等位基因之间功能差异的量度。 最后，对三个 HLA-I 基因座中的每一个的值进行平均并报告为“平均 HED”。

肿瘤基因检测对仑伐替尼临床治疗效果的影响

PD-1 轴/多激酶阻断联合疗法构成了 RCC 和其他癌症最有希望的治疗策略之一，监管部门批准将多 PD-1 轴/多激酶方案作为一线治疗。 先前的研究报道，这些激酶的一些配体，如 VEGF，可以直接抑制 T 淋巴细胞的成熟和活性，并导致淋巴细胞和抗原呈递细胞 (APC) 的去分化。 此外，已显示透明细胞肾脏癌肿瘤显示高度的血管生成信号传导，在很大程度上由增加的 VEGF 通路活性介导。 将这些发现外推到全身治疗环境，为乐伐替尼/派姆单抗组合所证明的额外抗肿瘤功效提供了生物学基础，并为研究对这些基于 ICB 的疗法产生反应的生物标志物提供了工作模型。

在我们的队列中进行了基因组分析，以探索在这种情况下对基于免疫检查点阻断疗法 的疗法产生反应的新兴生物标志物的重要性，我们的发现与之前的报告基本一致。 与之前的研究一致，我们的结果未能证明 TMB 与该队列中对基于免疫检查点阻断疗法的联合治疗的反应之间存在显着关联。 尽管 TMB 已被证明是许多不同实体瘤对免疫检查点阻断疗法治疗反应的有用预测指标，但这些发现尚未在肾脏癌中得到概括，并且这些观察结果背后的生物学基础仍有待阐明。

CD8+ T 淋巴细胞的抗原识别已成为一个特别感兴趣的话题，因为它在适应性免疫反应的发展中具有公认的作用。 T 细胞动力学不仅直接涉及对 ICB 治疗的反应，而且 T 细胞受体 (TCR) 库已显示因治疗环境而异。 测序平台现在允许以有用的分辨率评估肿瘤微环境中 CD8+ T 细胞的抗原特异性和克隆异质性。 尽管 TCR 库特征在预测对基于免疫检查点阻断疗法的疗法的反应中的效用尚不清楚，但克隆 T 细胞群已被证明在免疫检查点阻断疗法反应者中发展，并且它们的存在与肿瘤新抗原耗竭有关。 值得注意的是，我们小组之前已经证明 TCR 克隆性与 HLA I 类遗传变异性和进化差异直接相关，这些特征反过来可以预测一组晚期黑色素瘤患者的免疫检查点阻断疗法治疗反应。 尽管由于技术限制未作为本研究的一部分进行探索，但旨在进一步阐明这些发现的研究工作应考虑评估不同背景下 HED 和 TCR 曲目组成之间的关系。

探讨了 PBRM1 基因功能丧失突变的作用，PBRM1 基因是透明细胞肾细胞中反复出现的分子特征。 据报道，截断 PBRM1 变体与导致免疫检查点阻断疗法耐药的独特非免疫原性肿瘤表型相关，以及与 IFN-γ 相关的表达程序相关，这些表达程序在免疫检查点阻断疗法治疗后促进肿瘤清除。 关于 PBRM1 突变在免疫治疗背景下的作用也存在相互矛盾的证据，研究尚未提供关于它们在这种情况下的效用的确凿证据。 与之前的报告类似，肿瘤基因解码基因检测的结果不支持 PBRM1 功能丧失突变与 仑伐替尼/pembrolizumab 治疗后的临床获益之间存在显着关联。

综上所述，肿瘤基因解码基因检测的数据表明，HLA-I 多样性与多激酶和 PD1 阻断联合治疗后无进展间期延长以及治疗持久性相关。 关于预测对免疫检查点阻断疗法的反应所需的最佳 HED 阈值仍然存在问题，并且很可能像 TMB 一样，将来需要对每种治疗环境进行优化。