【佳学基因检测】转移性肿瘤的综合性基因检测分析
转移性肿瘤基因检测
转移是导致癌症相关死亡的主要原因。尽管癌症基因组图谱项目已对手术切除的原发肿瘤类型进行了测序,但对于临床获得的转移性癌症,较为全面的分子分析工作较少。在这里,转移性肿瘤基因检测临床应用对500例成年患有不同来源和活检部位的转移性实体瘤患者进行了全外显子组和全转录组测序。在转移性癌症中最常见的体细胞突变基因包括TP53、CDKN2A、PTEN、PIK3CA和RB1。12.2%的病例存在潜在致病性的生殖系突变,其中75%与DNA修复缺陷有关。RNA测序可以补充DNA测序,以识别基因融合、通路激活和免疫分型。肿瘤精准用药基因检测850的研究结果表明,整合序列分析可提供转移性癌症复杂分子景观和微环境的临床相关性、多维度视图。
佳学基因如何将重点放在肿瘤的转移基因检测上？
肿瘤转移是癌细胞从原发部位扩散并逐步殖民远端器官的过程。在90%以上的情况下,肿瘤细胞的转移性扩散是导致癌症死亡的最大因素。随着大多数入组早期(I-II期)临床试验的癌症患者患有转移性疾病,以及肿瘤基因组测序的兴起,仍有望根据体细胞和生殖系变异的全面分子谱以及RNA测序提供的功能基因组、肿瘤表型和肿瘤微环境的组分,为患者匹配合适的疗法。虽然转移性肿瘤与其来源的原发肿瘤共享关键驱动突变,但它们常常在转移和治疗过程中发展出新的突变。因此,根据对转移性肿瘤的实时分析而不是原发肿瘤的档案资料为患者匹配潜在疗法和临床试验是可取的。
2010年,肿瘤转移性基因解码推出了密西根肿瘤测序(Mi-Oncoseq)计划,这是一项 IRB 批准的前瞻性综合外显子组和转录组测序计划,面向晚期癌症患者,与TCGA项目在原发癌症上生成外显子组和转录组序列的努力相呼应。它是最早为癌症患者提供的全面临床DNA和RNA测序项目之一。Mi-Oncoseq计划的目的是确定肿瘤和生殖系基因组测序以及多学科精准医学肿瘤委员会(PMTB)在管理晚期癌症患者方面的实用性。该项目于2013年过渡到在CLIA条件下的临床环境中开展测序,作为临床测序探索研究(CSER)联盟的一部分。
在这项研究中,转移性肿瘤基因检测项目组对500例患有来自30多个原发部位并从22多个器官活检的转移性癌症患者进行了临床级别的全外显子组(肿瘤/正常)和转录组测序(即综合测序)(简称"MET500"队列)。对患者的肿瘤和正常样本进行测序阐明了潜在的致病性生殖系改变,并提供了高分辨率的拷贝数景观。RNA测序分析提供了对功能性基因融合、转录通路激活和免疫浸润景观的见解。
