NeoAg是通过不同的机制产生的，如非同义单核苷酸变异（ns-SNV）、插入和缺失（INDEL）和基因融合。这些新序列加工产生的突变肽必须与MHC分子结合并呈递到细胞表面，以便它们最终被逃脱中央耐受机制的T细胞受体（TCR）识别。对这些序列缺乏耐受性是一种常见的事件，因为它们不是由健康细胞表达的，但由家族性癌症突变产生的新Ag除外。

在不同的新抗原中，最常见的是那些源于ns-SNVs的新抗原，因为在大多数情况下，在不同的肿瘤类型中，发现的大多数新抗原特异性T细胞都识别ns-SNVs。然而，鉴定出ns-SNVs特异性T细胞的比例较高可能是有偏见的，因为鉴定ns-SNVs的方法通常比鉴定INDEL或基因融合抗原的方法更成熟和可靠。此外，ns-SNVs不会受到非编码介导的衰变（NMD）机制的影响，该机制会消除具有早期终止密码子的转录本，而这些密码子通常是在发生移码后产生的。产生新抗原（包括源于ns-SNVs的新抗原）可能通过两种不同的机制：1）增强突变肽与MHC分子的结合；2）在TCR接触位点产生不同的氨基酸。通过使未在其原始序列上呈现的肽可见或产生新的序列以被一组新的TCR识别，这些突变在肿瘤抗原性中起着重要作用，因为它们可以诱导高度肿瘤特异性的T细胞反应，并且与正常细胞的交叉反应风险较低。然而，与鉴定出的所有ns-SNVs相比，源于ns-SNVs的免疫原性抗原的数量较少，这表明只有一小部分突变序列是真正的免疫原性新抗原。通过使用T细胞刺激试验或MHC多聚体技术对含突变肽的免疫原性进行系统研究，已经证明在不同肿瘤（如卵巢癌、胃肠道癌和黑色素瘤）中，只有一小部分肽具有免疫原性并产生T细胞反应。在某些情况下，这可能与氨基酸变化有关，这些变化不符合上述T细胞有效识别的两个标准之一。然而，在其他情况下，尽管存在与免疫原性相容的肽结构特征，但免疫抑制的肿瘤微环境可能会阻止新抗原特异性免疫力的激发。