【佳学基因靶向药物基因检测】在NSCLC肺部癌患者中发现的 EGFR L858R基因突变的治疗策略
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佳学基因检测每周会通过集中会议学习掌握国际肿瘤基因检测的研究进展，其中一次基因检测实验室人员知识更新中在讨论《神奇药物选择的重要标准》时，大家分析了《Front Immunol》在 2022 Nov 23;13:1022598.发表了一篇题目为《An EGFR L858R mutation identified in 1862 Chinese NSCLC patients can be a promising neoantigen vaccine therapeutic strategy》肿瘤靶向药物治疗基因检测临床研究文章。该研究由Jing Lin, Jun Liu, Shi-Guang Hao, Bin Lan, Xiao-Bin Zheng, Jia-Ni Xiong, Ying-Qian Zhang, Xuan Gao, Chuan-Ben Chen, Ling Chen, Yu-Fang Huang, Hong Luo, Yu-Ting Yi, Xin Yi, Jian-Ping Lu, Xiong-Wei Zheng, Gang Chen, Xue-Feng Wang, Yu Chen等完成。促进了肿瘤的精准治疗与个性化用药的发展，进一步强调了基因信息检测与分析的重要性。肿瘤基因检测研究的目标是开发一种针对中国非小细胞肺癌（NSCLC）患者中EGFR L858R突变衍生的新抗原的疫苗。通过对1862名中国NSCLC患者的基因组进行靶向测序，研究发现EGFR L858R突变是最常见的基因变异，且其与HLA-A*33:03的结合亲和力和共享频率最佳。研究还发现，EGFR L858R突变的肿瘤微环境（TME）显示出低水平的CD8 T细胞、活化的CD4记忆T细胞和升高的巨噬细胞M2水平，表明TME可能受到抑制。 该研究的意义在于： 识别和验证了一个新的肺癌疫苗的靶标：EGFR L858R突变。这种突变在中国的非小细胞肺癌患者中非常常见，因此开发针对此突变的疫苗可能会有广泛的应用前景。 揭示了EGFR L858R突变的肿瘤微环境特征，为理解肿瘤的免疫逃逸机制提供了线索。 基于以上发现，EGFR L858R突变衍生的新抗原可以作为一个疫苗候选靶点进行进一步研究，而在靶向治疗或免疫检查点抑制剂（ICIs）失败后，基于新抗原的疫苗可能成为EGFR L858R亚型的有效挽救策略。这将有望为非小细胞肺癌的治疗提供一个新的途径。
肿瘤基因检测及靶向药物治疗研究关键词：
中国非小细胞肺癌, EGFR L858R突变, HLA A*33:03,免疫学特征,新抗原疫苗。
肿瘤治疗检测基因临床应用结果
靶向药物研究立项的依据：本研究旨在开发一种针对中国非小细胞肺癌 (NSCLC) 突变衍生新抗原的疫苗。佳学基因解码的途径：研究了一组 1862 名中国 NSCLC 患者，这些患者接受了 1021 基因组的靶向测序。 HLA 分型使用 OptiType v1.0 完成，新抗原由 netMHCpan v4.0 预测。使用 lohhla 算法推断出 HLA LOH，并根据我们的面板数据通过计算非同义词的总数来量化 TMB。利用TCGA数据利用CIBERSORT估计不同EGFR突变亚型的TME。靶向药物研究的客观数据：HLA-A*11:01(42.59%)位列前1位等位基因，HLA-A*33:03(12.94%)位列第12位。 EGFR L858R (22.61%) 是最普遍的基因变异。 EGFR L858R 与 HLA-A*33:03 的结合亲和力 (IC50 MT = 22.9 nM) 和共享频率 (2.93%) 是最佳的。在随后对 EGFR 突变亚型的免疫学特征的进一步分析中，在我们的人群中发现了 63.1% 的 HLA 杂合性缺失 LOH (HLA LOH) 和 0.37%（1862 年中的 7 个）B2M 畸变，两者与 EGFR 突变亚型没有显着关联，表明抗原呈递过程涉及 EGFR L858R 中的 HLA LOH 和 B2M 机制。利用我们的 panel 研究了肿瘤突变负荷 (TMB)，结果表明与其他 EGFR 突变亚型相比，EGFR L858R 的 TMB 最低。此外，对来自癌症基因组图谱 (TCGA) 数据的 22 种免疫细胞类型的分析表明，EGFR L858R 与低水平的 CD8 T 细胞、活化的 CD4 记忆 T 细胞和升高的巨噬细胞 M2 水平相关，表明肿瘤微环境 (TME) 受到抑制药物指导及病因判断的依据：我们的研究发现，EGFR L858R 新抗原有可能在 HLA A*33:03 的非小细胞肺癌患者中产生癌症疫苗。在靶向治疗或免疫检查点抑制剂（ICIs）失败后，基于新抗原的疫苗可能成为 EGFR L858R 亚群的有效挽救方案。 EGFR L858R突变； HLA A*33:03；免疫学特征；新抗原疫苗。
佳学基因检测分析这一研究的背景背景
本研究旨在开发一种针对中国非小细胞肺癌（NSCLC）中突变衍生新抗原的疫苗。
肿瘤基因检测研究方法：
肿瘤基因检测研究了一组1862名中国NSCLC患者，这些患者接受了1021基因组的靶向测序。使用OptiType v1.0进行HLA分型，并使用netMHCpan v4.0预测新抗原。使用lohhla算法推断出HLA LOH，并根据我们的面板数据通过计算非同义词的总数来量化TMB。利用CIBERSORT和TCGA数据估计不同EGFR突变亚型的肿瘤微环境（TME）。
肿瘤基因检测的研究结果：
HLA-A11:01（42.59%）是第一位等位基因，而HLA-A33:03（12.94%）位列第12位。EGFR L858R（22.61%）是最普遍的基因变异。EGFR L858R与HLA-A*33:03的结合亲和力（IC50 MT = 22.9 nM）和共享频率（2.93%）是最优的。在进一步分析EGFR突变亚型的免疫学特征时，我们的人群中发现了63.1%的HLA杂合性缺失LOH（HLA LOH）和0.37%（1862年中的7个）B2M畸变，这两者与EGFR突变亚型没有显着关联，说明在EGFR L858R中，抗原呈递过程涉及HLA LOH和B2M机制。利用我们的面板数据研究了肿瘤突变负荷（TMB），结果表明，与其他EGFR突变亚型相比，EGFR L858R的TMB最低。此外，来自癌症基因组图谱（TCGA）数据的22种免疫细胞类型的分析显示，EGFR L858R与CD8 T细胞、活化的CD4记忆T细胞的低水平和巨噬细胞M2水平的升高有关，这暗示了一个被抑制的肿瘤微环境（TME）。
肿瘤基因检测的研究结论 ：
肿瘤基因检测的研究发现，EGFR L858R新抗原有可能在HLA A*33:03的非小细胞肺癌患者中产生癌症疫苗。在靶向治疗或免疫检查点抑制剂（ICIs）失败后，基于新抗原的疫苗可能成为EGFR L858R亚群的有效挽救方案。
肺癌治疗策略研究关键词 ：
中国非小细胞肺癌； EGFR L858R突变； HLA A*33:03； 免疫学特征； 新抗原疫苗。
