【佳学基因检测】INDEL 检测，精确基因组编辑的“阿喀琉斯之踵”：对基因编辑诱导的 indels 准确分析方法的调查

做完基因检测 我后悔了—科学性

查重分析三甲医师职称提升肿瘤学《肿瘤个性治疗的方法与措施》《BMC Genomics》在 2015; 16: 998发表了一篇题目为《INDEL 检测，精确基因组编辑的“阿喀琉斯之踵”：对基因编辑诱导的 indels 准确分析方法的调查》肿瘤靶向药物治疗基因检测临床研究文章。该研究由Praveen F. Cherukuri, Valerie Maduro, Karin V. Fuentes-Fajardo, Kevin Lam, NISC Comparative Sequencing Program, David R. Adams,等完成。促进了肿瘤的精准治疗与个性化用药的发展，进一步强调了基因信息检测与分析的重要性。

肿瘤靶向药物及精准治疗临床研究内容关键词：

基因组编辑,可编程核酸酶,锌指核酸酶,ZFNs,转录激活因子样效应核酸酶,TALENs,CRISPR,

肿瘤靶向治疗基因检测临床应用结果

基因组编辑技术的进步使得在单碱基水平上操纵基因组成为可能。这些技术基于可编程核酸酶 (PN)，包括大范围核酸酶、锌指核酸酶 (ZFN)、转录激活因子样效应核酸酶 (TALEN) 和成簇规则间隔短回文重复序列 (CRISPR)/CRISPR 相关 9 (Cas9) 核酸酶并使研究人员能够删除、插入或替换细胞、组织和整个生物体中的基因组 DNA。重新设计 PN 的基因组靶特异性的巨大灵活性极大地扩展了基因编辑在生命科学中的应用范围，并显示出开发下一代基因疗法的巨大希望。 PN 技术的原理是在基因组中用户指定的位点诱导 DNA 双链断裂 (DSB)，然后对诱导的 DSB 进行细胞修复。 PN 引发的 DSB 主要通过非同源末端连接 (NHEJ) 和微同源介导的末端连接 (MMEJ) 途径修复，可引发各种小的插入或缺失 (indel) 突变。如果在蛋白质编码序列中引发插入缺失并改变阅读框，则可以使用任何可用的 PN 轻松实现靶向基因敲除 (KO)。尽管原则上可以轻松实现基因失活，但在实践中，成功的 KO 不仅取决于 NHEJ 和 MMEJ 修复的效率；它还取决于所使用的 PN 的设计和特性、选择的递送格式、目标位点首选的插入缺失修复结果、目标位点的染色质状态以及编辑细胞中修复途径的相关活动。这些变量排除了对 PN 诱导插入缺失的性质和频率的准确预测。因此，任何基因 KO 实验的关键步骤都是检测、表征和量化在细胞、组织或整个生物体中的目标基因组位点诱导的插入缺失。在本次调查中，我们简要回顾了自然发生的插入缺失及其检测。接下来，我们回顾了为检测 PN 诱导的插入缺失而开发的方法。我们简要概述了实验步骤并描述了各种方法的优缺点，以帮助用户为其编辑应用程序确定合适的方法。我们重点介绍了最近的进展，这些进展能够准确和灵敏地量化细胞中的插入缺失事件，而不管它们的基因组复杂性如何，将不同插入缺失事件的复杂池转化为信息丰富的插入缺失图谱。最后，我们回顾了通过使用新方法对 PN 引发的插入缺失形成的了解，以及这种见解如何帮助进一步推进基因组编辑领域。

肿瘤发生与复发转移国际数据库描述：

genome editing,programmable nucleases,zinc-finger nucleases,ZFNs, transcription activator-like effector nucleases,TALENs,CRISPR,