【佳学基因检测】肿瘤基因解码筛选卵巢转移基因用于检测

肿瘤转移基因检测导读：

卵巢癌是妇科常见的恶性肿瘤,超过75%的患者确诊时已处于晚期,五年生存率低于30%。大多数患者在手术和化疗后发生转移。因此,寻找能区分复发高危患者的新生物标志物,并判断这些标志物是否为潜在的治疗靶点,是改善卵巢癌患者预后面临的主要障碍。

DNA甲基化是重要的表观遗传调节方式,可以在不改变DNA序列的情况下改变基因表达。肿瘤抑制基因启动子区CpG岛异常甲基化是多种肿瘤的常见事件,可以激活癌症相关通路,促进肿瘤发生发展。前期研究已经证实DNA甲基化在卵巢癌发生和进展中发挥重要作用。

在《肿瘤基因解码筛选卵巢转移基因用于检测》的研究中,肿瘤基因检测对卵巢癌细胞株A2780进行单细胞克隆,获得低转移潜能株A2780-E8和高转移潜能株A2780-C9。通过减代表亚硫酸盐测序和RNA测序技术,分析两个细胞株的全基因组甲基化谱和转录组谱。结果发现两个细胞株存在明显不同的DNA甲基化模式和基因表达模式。综合分析发现33个基因存在明显的甲基化异常,可能与卵巢癌转移相关。肿瘤基因检测进一步验证了SFRP1和LIPG在卵巢癌组织中的甲基化模式,结果显示两者在腹膜转移性卵巢癌中甲基化较原发性卵巢癌增高。最后,功能实验确认SFRP1和LIPG在卵巢癌细胞中发挥肿瘤抑制作用,并依赖于启动子区超甲基化导致的基因沉默。

综上所述,肿瘤基因检测通过对卵巢癌细胞株进行克隆筛选和表观遗传学分析,发现SFRP1和LIPG的启动子区超甲基化可能是卵巢癌转移的驱动事件。这为鉴定卵巢癌转移相关生物标志物和药物靶点提供了新的见解。未来还需在大样本量的临床样本中验证研究结论。  
 

肿瘤基因解码筛选卵巢转移基因用于检测

卵巢癌是女性中第二常见的恶性肿瘤。超过75%的患者在出现一些模糊轻微的症状时被诊断出已处于晚期。晚期肿瘤女性患者的5年生存率低于30%。大多数患者在手术和化疗后发展为转移性疾病。因此,识别能够区分复发高危患者的新生物标志物,并判断这些生物标志物是否为潜在的治疗靶点,是改善卵巢癌患者预后面临的主要障碍。

DNA甲基化是一种主要的表观遗传修饰类型,它可以在不改变DNA序列的情况下改变基因表达。它主要发生在基因组中的胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(CpG)二核苷酸的胞嘧啶残基上。启动子CpG岛甲基化异常是癌症发生和进展中的常见事件。它导致癌症中许多重要途径的紊乱,包括肿瘤抑制基因的失活、细胞周期控制的丧失、转录因子功能的改变、细胞间连接的破坏、基因组不稳定性、代谢重编程、免疫抑制性肿瘤微环境等。

前期研究已经显示DNA甲基化在卵巢癌发生和进展中发挥重要作用。几个肿瘤抑制基因如BRCA1 、RASSF1A 、OPCML 和P16INK4a已被证实在卵巢癌中启动子区域高度超甲基化。这种启动子区域超甲基化也频繁发生在编码miRNA(如miR-34a和miR-30)以及转录因子(如KLF11和多聚环化合物靶标)的DNA区域。DNA甲基化改变与卵巢癌中的顺铂耐药性和组织病理有关。

在《肿瘤基因解码筛选卵巢转移基因用于检测》的研究中,肿瘤基因检测对一个卵巢癌细胞系(A2780)进行了单细胞克隆,并建立了低转移潜能和高转移潜能的两个细胞亚系。为了研究卵巢癌转移的潜在机制,肿瘤基因检测使用减代表亚硫酸盐测序(RRBS)分析这两个新建立的细胞亚系的全基因组DNA甲基化谱,使用RNA测序(RNA-seq)分析其转录组谱。通过整合DNA甲基化组和转录组分析,肿瘤基因检测识别出33个甲基化异常基因与卵巢癌转移潜在相关。肿瘤基因检测进一步在腹膜转移性卵巢癌组织与原发性卵巢癌组织中验证了其中两个基因(SFRP1和LIPG)的DNA甲基化模式。最后,肿瘤基因检测在实验中确认了它们在卵巢癌细胞中的肿瘤抑制作用依赖于启动子区超甲基化。

最近的单细胞RNA测序研究揭示了不同癌症细胞系内存在显著的异质性,并识别出肿瘤与特定细胞系之间共享的异质性复发模式。在《肿瘤基因解码筛选卵巢转移基因用于检测》的研究中,肿瘤基因检测首先对卵巢癌细胞系A2780进行了单细胞克隆,并建立了两个转移能力明显不同的细胞亚系(A2780-E8和A2780-C9)。接下来,肿瘤基因检测在这两个细胞亚系中进行了DNA甲基化组和转录组分析。低转移潜能和高转移潜能的两个细胞亚系之间存在明显不同的DNA甲基化模式和基因表达模式。 DNA甲基化组和转录组的综合分析识别出33个DNA甲基化异常的基因与卵巢癌转移潜在相关。然后,肿瘤基因检测在卵巢癌组织中进一步验证了这些基因的DNA甲基化模式。其中,与A2780-E8(低转移潜能)相比,SFRP1和LIPG在A2780-C9(高转移潜能)中呈高甲基化。与原发性卵巢癌相比,它们在腹膜转移性卵巢癌中也呈高甲基化。SFRP1和LIPG表达较低的卵巢癌患者预后较差。最后,肿瘤基因检测随后进行了基于细胞的体外和体内实验以确认SFRP1和LIPG在卵巢癌细胞中的肿瘤抑制作用。从功能上讲,SFRP1和LIPG的敲低促进了细胞生长和迁移,而它们的过表达产生了相反的效果。特别是SFRP1的敲低导致磷酸化GSK3β的增加和β-连环蛋白表达的增加,导致Wnt通路的失调激活。

SFRP1编码分泌相关蛋白(SFRP)家族的一员,其包含一个类似Frizzled蛋白Wnt结合位点的半胱氨酸富集域。该家族成员充当Wnt信号的可溶性调节因子,在诸如细胞增殖、迁移、侵袭和分化等各种生物学过程中发挥重要作用。在SFRP成员中,SFRP1的表观遗传沉默在多种恶性肿瘤中已有描述,包括肝细胞癌、乳腺癌和非小细胞肺癌]。肿瘤基因检测的研究揭示SFRP1启动子区的超甲基化可能推动卵巢癌转移。从机制上讲,SFRP1的缺失导致Wnt通路的失调激活,从而促进卵巢癌的发展。

内皮脂肪酶(LIPG)是一种由高代谢和血管化组织的血管内皮细胞分泌的脂肪酶形式,如肝脏、肺脏、肾脏和甲状腺。LIPG酶是许多生物过程如脂蛋白代谢和血管生物学的重要组成部分。然而,其在癌发生和肿瘤进展中的作用很少被报道。在有侵袭性的人类基底样三阴性乳腺癌中,LIPG发生异常过表达并充当原癌基因推动肿瘤发起和转移。相反,肿瘤基因检测的研究显示LIPG在腹膜转移性卵巢癌中呈高甲基化。LIPG的敲低促进细胞生长和迁移,而LIPG的过表达产生相反作用,提示LIPG可能在卵巢癌中发挥肿瘤抑制作用。LIPG在肿瘤中的相互矛盾作用可能是由于其在癌症中的依赖上下文的调节功能所致,这需要在未来的研究中进一步调查。

总之,在卵巢癌进展中检测到许多系统性和重要的表观遗传学和转录组学改变。特别是SFRP1和LIPG在卵巢癌中发挥肿瘤抑制因子的作用,它们的表观遗传学沉默是卵巢癌转移的潜在驱动事件。肿瘤基因检测的数据还对卵巢癌转移相关的表观遗传学和转录组学改变提供了新的见解,可能会推动识别生物标志物和用于预测和控制癌症转移的药物靶点。